市场监管部门在发现已注销当事人存在违法线索时，应当根据违法线索的具体情况，分情形采取不同的处理措施，具体如下：

1. 若违法线索涉及注销前的违法行为，且该行为在注销前已被立案调查但未结案
   市场监管部门应当继续调查，并依法作出行政处罚决定。根据《市场监督管理行政处罚程序规定》等相关法律法规，行政处罚的相对人是实施违法行为的主体，即使该主体已注销，市场监管部门仍需完成调查程序，明确违法事实和责任主体。若原主体已注销，可依法将其股东、发起人或出资人等列为处罚对象，前提是这些主体继承了原主体的权利义务或存在过错。

2. 若违法线索涉及注销前的违法行为，但注销前未被发现或立案
   市场监管部门仍可依法立案调查。虽然当事人已注销，但违法行为本身具有社会危害性，市场监管部门有职责查明事实。若调查确认违法行为存在，且原主体的权利义务由其他主体承继（如股东、发起人或出资人），可依法对这些主体作出行政处罚；若无法确定承继主体或承继主体无过错，则可能面临处罚对象缺失的困境，此时可依法终结调查，但应将相关情况记录在案。

3. 若违法线索涉及注销后的行为（如虚假注销、利用注销逃避处罚）
   市场监管部门应重点调查注销程序的合法性。若发现当事人通过虚假材料或其他非法手段注销登记，可依法撤销注销登记，恢复当事人主体资格，并继续追究其违法责任。同时，若相关行为涉嫌犯罪（如诈骗、妨害公务等），应及时将案件移送公安机关处理。

实务建议：

• 市场监管部门在处理此类案件时，应注重证据收集，尤其是关于当事人注销前后行为连续性的证据，以及权利义务承继关系的证据。
  
• 若涉及复杂法律关系（如公司注销后的债务承担），可建议市场监管部门咨询专业法律意见，确保程序合法、处罚适当。
  
• 对于已注销当事人，市场监管部门在作出行政处罚前，应充分保障其原股东、发起人或出资人的陈述、申辩权利，避免程序违法。

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