协议书写好后因特殊原因延迟付款，该协议本身仍然是有效的，但延迟付款的行为是否构成违约以及违约后的责任承担，需根据具体情况分析。以下从不同角度进行详细阐述：
一、协议的有效性
协议成立与生效：
- 协议一旦双方签字或盖章，即视为成立。若协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，且双方意思表示真实，则协议自成立时生效。
- 延迟付款的约定，作为协议的一部分，只要是在双方平等、自愿的基础上协商一致达成的，且不违反上述原则，即具有法律效力。
特殊原因的影响：
- 特殊原因（如不可抗力、意外事件等）可能导致一方无法按时履行付款义务。但特殊原因本身并不影响协议的效力，而是可能构成免责事由或导致协议变更、解除。
二、延迟付款的法律后果
违约责任：
- 若协议中明确约定了付款时间，且未约定延迟付款的免责条款或变更条款，则延迟付款构成违约。违约方需承担违约责任，包括但不限于支付违约金、赔偿损失等。
- 若协议中虽未明确约定付款时间，但根据交易习惯或双方后续行为可以确定付款时间的，延迟付款同样可能构成违约。
免责事由：
- 若延迟付款是由于不可抗力（如自然灾害、战争等）或意外事件（如突发疾病、交通事故等）导致的，且违约方能够证明其已尽到合理注意义务且无法避免、无法克服，则可能构成免责事由，免除或部分免除违约责任。
协议变更或解除：
- 若双方因特殊原因协商一致，可以变更协议中的付款时间或其他相关条款。变更后的协议同样具有法律效力。
- 若特殊原因导致协议目的无法实现或继续履行协议对一方明显不公平的，双方可以协商解除协议。解除协议后，双方需根据协议履行情况、过错程度等因素承担相应的责任。
三、法律建议
审查协议条款：
- 仔细审查协议中关于付款时间、违约责任、免责事由等条款的约定，确保自身权益得到充分保障。
及时沟通协商：
- 若因特殊原因无法按时付款，应及时与对方沟通协商，说明情况并寻求解决方案。避免因沟通不畅导致纠纷升级。
保留证据：
- 保留与延迟付款相关的所有证据，如沟通记录、医疗证明、交通事故认定书等，以备不时之需。
寻求法律帮助：
- 若因延迟付款引发纠纷且无法协商解决，建议及时寻求专业律师的帮助，通过法律途径维护自身权益。
总结来说，协议书写好后因特殊原因延迟付款，协议本身仍然有效。但延迟付款的行为是否构成违约以及违约后的责任承担，需根据协议约定、特殊原因的性质以及双方沟通协商情况等因素综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。