事业单位人员参加企业运营得利，纪委的处理方式需根据具体情况来判定，一般会涉及纪律处分、利益追缴以及可能的法律责任追究。以下从不同角度进行分析：
一、纪律处分层面
违反廉洁纪律：
- 事业单位人员通常被视为公职人员，其参与企业运营并获取利益，可能违反了廉洁纪律的相关规定。根据《中国共产党纪律处分条例》等相关规定，公职人员不得违规从事营利活动，包括经商办企业、拥有非上市公司（企业）的股份或者证券等。
- 若事业单位人员违反了这些规定，纪委将根据其违规行为的性质、情节和后果，给予相应的纪律处分，如警告、记过、记大过、降级、撤职、开除等。
违反工作纪律：
- 如果事业单位人员利用职务之便，为参与的企业谋取不正当利益，或者在工作中存在失职渎职行为，这也可能构成违反工作纪律。
- 纪委将对此类行为进行调查，并根据调查结果给予相应的纪律处分。
二、利益追缴层面
非法所得追缴：
- 如果事业单位人员通过参与企业运营获得的利益被认定为非法所得，纪委将依法追缴这些利益。
- 追缴的方式可能包括要求当事人主动上缴、通过法律程序强制执行等。
经济损失赔偿：
- 如果事业单位人员的违规行为给单位或国家造成了经济损失，纪委还将要求其承担相应的赔偿责任。
三、法律责任追究层面
行政责任：
- 除了纪律处分外，事业单位人员还可能因违规行为承担行政责任，如被行政机关给予罚款、没收违法所得等行政处罚。
刑事责任：
- 如果事业单位人员的违规行为构成犯罪，如贪污罪、受贿罪等，纪委将依法将其移送司法机关处理。
- 司法机关将根据犯罪事实和法律规定，对当事人进行刑事审判，并可能判处刑罚。
四、具体处理流程
初步核实：
- 纪委在接到相关举报或线索后，将进行初步核实，以确定是否存在违规行为。
立案审查：
- 如果初步核实发现存在违规行为，纪委将立案审查，并展开深入调查。
审理与处分：
- 调查结束后，纪委将根据调查结果进行审理，并作出相应的处分决定。
执行与监督：
- 处分决定作出后，纪委将监督执行，并确保处分决定得到落实。
建议：如果您或您身边的人涉及此类问题，建议主动向纪委说明情况，配合调查，并积极采取措施纠正错误。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。