核心前提：工程未完工且劳动者自动离职，涉及劳动合同解除、工程款结算、违约责任承担等多个法律问题。

结论与详细分析：

1. 劳动合同解除的合法性：

   • 自动离职的合法性：根据《劳动合同法》的规定，劳动者解除劳动合同应当提前通知用人单位，试用期内提前三日通知，非试用期内提前三十日以书面形式通知。若未履行通知义务而自动离职，可能构成违法解除劳动合同，需承担相应法律责任，如赔偿用人单位因此遭受的损失。
   • 用人单位应对：用人单位在发现劳动者自动离职后，应及时确认劳动合同解除状态，并保留相关证据（如考勤记录、工作交接情况等），以便在后续争议中维护自身权益。

2. 工程款结算问题：

   • 已完成工程量的确认：双方应就劳动者已完成的工作量进行确认，并据此结算工程款。若因自动离职导致工程量无法准确计量，可能引发争议。此时，用人单位应提供相关证据（如工作记录、监理报告等）以证明实际完成的工作量。
   • 工程款支付义务：用人单位应按照实际完成的工作量支付工程款，不得因劳动者自动离职而拒绝支付或克扣。若用人单位未按时支付工程款，劳动者有权要求支付并可能主张逾期付款利息或违约金。

3. 违约责任承担：

   • 劳动者违约责任：若劳动者自动离职构成违法解除劳动合同，且给用人单位造成损失的，应承担赔偿责任。赔偿范围通常包括用人单位因劳动者离职而产生的直接经济损失（如招聘费用、培训费用、临时替代人员的工资等）以及因工程延误而产生的额外费用。
   • 用人单位违约责任：若用人单位存在未按时支付工程款、未提供必要的工作条件等违约行为，导致劳动者被迫离职的，用人单位应承担相应的违约责任，并可能需支付经济补偿金。

4. 建议与措施：

   • 劳动者方面：在自动离职前，应尽量与用人单位协商解决离职事宜，并履行通知义务以避免法律风险。若已自动离职，应主动与用人单位沟通结算工程款并协商赔偿事宜，以减少争议和损失。
   • 用人单位方面：在发现劳动者自动离职后，应及时采取措施确认劳动合同解除状态并保留相关证据。同时，应积极与劳动者沟通结算工程款并协商赔偿事宜，以维护自身权益并避免不必要的法律纠纷。若双方无法协商一致，可寻求法律途径解决争议。