结论：工程合同协议无效超过三年，再向公司发退4-5管理费催款函，一般不能重新计算诉讼时效。以下从多个角度进行详细分析：
一、诉讼时效的基本规定
根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条：“向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。”
在工程合同纠纷中，如果合同被认定为无效，那么基于该合同产生的权利义务关系也将受到影响。但诉讼时效的计算，通常是从权利人知道或应当知道权利受到损害之日起开始计算，且一般不超过二十年。
二、合同无效与诉讼时效的关系
合同无效的确认：合同无效的确认通常需要通过法律程序，如诉讼或仲裁。一旦合同被确认为无效，那么基于该合同产生的权利义务关系将自始无效。但这并不意味着诉讼时效可以因此重新计算。
诉讼时效的中断与重新计算：诉讼时效的中断通常发生在权利人向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务或权利人提起诉讼或申请仲裁等情形下。而单纯地发送催款函，并不一定构成诉讼时效的中断，除非该催款函明确表达了权利人要求义务人履行义务的意思，并且义务人收到了该催款函。但即便如此，如果合同无效的事实已经确定，且权利人知道或应当知道其权利受到损害的时间已经超过三年，那么发送催款函通常也不能重新计算诉讼时效。
三、具体到本案例的情况
合同无效的确认时间：如果工程合同已经被确认为无效，且这一确认发生在三年前或更早，那么从合同被确认为无效之日起，权利人就应该知道其权利可能受到损害。
催款函的发送时间：如果权利人在合同被确认为无效超过三年后才发送催款函，那么这一行为通常不能构成诉讼时效的中断或重新计算。因为此时权利人已经知道或应当知道其权利受到损害的时间已经超过了法律规定的诉讼时效期间。
四、建议与风险提示
及时行使权利：如果权利人认为其权利受到损害，应该及时行使权利，包括提起诉讼或申请仲裁等。不要拖延时间，以免超过诉讼时效期间而丧失胜诉权。
咨询专业律师：在处理工程合同纠纷时，由于涉及的法律问题较为复杂，建议权利人咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况提供针对性的法律建议和解决方案。
保留证据：无论是否发送催款函，权利人都应该保留好与合同无效及权利受到损害相关的证据。这些证据在后续的法律程序中可能起到关键作用。
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