农村自建房转让协议和合同在性质上本质是一样的，都属于合同范畴，但二者在具体适用和法律效果上存在一些需要特别注意的差异。具体分析如下：

1. 合同性质的本质相同
   从法律角度看，无论是“转让协议”还是“合同”，只要符合《民法典》中关于合同的基本定义，即双方或多方当事人之间设立、变更、终止民事权利义务关系的协议，就都属于合同。农村自建房转让协议本质上也是一种合同，是出让人和受让人就自建房的权属转移达成的合意。

2. 农村自建房转让协议的特殊性
   农村自建房转让协议虽然属于合同，但由于其标的物是农村自建房，涉及农村宅基地使用权的问题，因此受到《土地管理法》等法律的特殊限制。根据现行法律规定，农村宅基地使用权原则上只能在本集体经济组织成员之间流转，非集体经济组织成员一般不能取得宅基地使用权。这意味着，农村自建房转让协议的效力可能因受让人身份的不同而受到影响。

3. 合同效力的认定
   如果农村自建房转让协议的双方均为同一集体经济组织成员，且协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该协议通常是有效的。但如果受让人不是本集体经济组织成员，或者协议违反了宅基地使用权流转的相关规定，那么该协议可能被认定为无效或部分无效。

4. 实务建议
   在签订农村自建房转让协议时，建议注意以下几点：

   • 确认双方是否为同一集体经济组织成员；
   • 确保协议内容合法合规，不违反宅基地使用权流转的限制；
   • 办理相关的权属变更登记手续，以保障受让人的合法权益；
   • 如有必要，可以咨询专业律师，确保协议的法律效力。

总结：农村自建房转让协议和合同在性质上是一样的，但由于涉及农村宅基地使用权，其效力和适用受到特殊限制。在签订此类协议时，务必注意相关法律规定，以确保协议的合法性和有效性。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。