核心结论：加班少签到一次本身通常不会直接导致严重法律后果，但可能影响加班费计算、考勤记录真实性及劳动纠纷举证，具体后果需结合公司制度、实际加班情况及证据保留情况综合判断。以下分情况详细说明：

1. 若公司制度明确要求加班签到，且少签到一次

• 考勤记录影响：公司可能以未签到为由否认该次加班事实，导致加班费无法主张。根据《劳动法》第四十四条，加班费需以“实际加班”为前提，而考勤记录是证明加班的直接证据之一。
• 制度合规性：若公司制度未通过民主程序（如职工代表大会讨论）或未公示，可能被认定为无效制度，此时少签到不影响加班事实认定，但员工需提供其他证据（如工作邮件、聊天记录、同事证言等）证明加班。
• 建议：立即补签或向公司说明情况，并保留加班证据（如工作记录、监控录像等），避免公司以“旷工”等理由反制。

2. 若公司无明确签到要求，或实际加班但未签到

• 加班事实认定：法律不强制要求加班必须签到，只要员工能证明实际加班（如完成工作任务的时间、地点等），公司仍需支付加班费。
• 举证责任：根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第四十二条，劳动者主张加班费的，应就加班事实存在承担举证责任。若公司否认加班，员工需提供初步证据（如工作记录、同事证言等）。
• 建议：通过邮件、微信等工作记录证明加班时间，或请同事出具书面证言，增强证据效力。

3. 若少签到一次导致公司以“旷工”等理由处罚

• 处罚合法性：公司需证明少签到与“旷工”存在因果关系（如未签到且未实际加班）。若员工能证明实际加班，公司处罚可能被认定为违法。
• 维权途径：员工可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求撤销处罚并赔偿损失（如工资扣减、名誉损害等）。
• 建议：保留加班证据，及时与公司沟通说明情况，避免处罚生效。

4. 特殊情况：综合计算工时制或不定时工时制

• 加班费计算：若适用综合计算工时制，公司需在周期内统筹安排加班时间，少签到一次可能不影响整体加班费计算；若适用不定时工时制，加班费需以“实际工作”为准，签到记录重要性降低。
• 建议：确认劳动合同或公司制度中约定的工时制类型，针对性准备证据。

总结：加班少签到一次的后果取决于公司制度、实际加班情况及证据保留情况。为避免纠纷，建议员工：

1. 严格遵守公司考勤制度，及时补签或说明情况；
   
2. 保留加班证据（如工作记录、同事证言等）；
   
3. 若公司拒绝支付加班费或违法处罚，及时通过法律途径维权。
   

如有具体案件细节（如公司制度内容、加班证据等），可进一步向我咨询，我会结合实际情况提供更精准的建议。