事业单位员工因特殊情况请假是否扣工资，需根据请假类型、单位规章制度及法律法规综合判断，具体如下：

1. 法定假期或特殊情形下的请假

• 病假：根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》及事业单位相关管理规定，员工因病请假在医疗期内，单位应支付病假工资，且不得低于当地最低工资标准的80%。医疗期长短根据工龄和病情确定，例如工作10年以下、在本单位工作5年以下的员工，医疗期为3个月。
• 产假、陪产假、婚假、丧假等：这些假期属于法定带薪假期，单位不得扣减工资。例如，产假通常为98天（基础产假）+奖励假（各地规定不同），期间工资由生育保险基金或单位全额支付。
• 工伤假：员工因工受伤需停工留薪的，单位应按月支付原工资福利待遇，期限一般不超过12个月，特殊情况可延长。

2. 事假或非法定假期的请假

• 事假：单位通常有权根据规章制度扣减工资，但需合理。例如，部分单位规定事假每天扣减日工资的100%，但需确保扣除后员工工资不低于当地最低工资标准。若单位规章制度未明确事假扣薪规则，则可能被认定为违法。
• 年休假、调休假：这些假期属于带薪假期，单位不得扣减工资。若员工未休完年休假，单位应按日工资收入的300%支付未休年休假工资报酬（含已支付的正常工资）。

3. 单位规章制度的合法性

• 即使单位规章制度规定了请假扣薪规则，也需符合法律法规。例如，扣薪后员工工资不得低于当地最低工资标准，且不得违反《劳动合同法》中关于工资支付的规定。
• 若单位规章制度未经民主程序制定或未公示，可能被认定为无效，员工有权拒绝扣薪。

4. 特殊情况下的处理建议

• 协商解决：若单位扣薪不合理，员工可先与单位协商，要求补发工资或调整扣薪规则。
• 投诉举报：若协商无果，员工可向当地劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁，要求单位支付被扣工资及可能的赔偿金。
• 保留证据：员工应保留请假申请、单位扣薪通知、工资条等证据，以便在争议中维护自身权益。

总结：事业单位员工因特殊情况请假是否扣工资，需结合请假类型、单位规章制度及法律法规综合判断。若涉及法定带薪假期或工伤假，单位不得扣减工资；若涉及事假，单位可合理扣减，但需确保不违反最低工资标准等规定。如有疑问，可直接向我咨询，我将根据具体情况为您提供详细解答。