企业以调休代替加班费是否违法需分情况讨论，起诉流程需根据具体违法情形确定，以下分情况说明：

一、企业以调休代替加班费是否违法

1. 休息日加班
   根据《劳动法》第44条，休息日安排劳动者工作且不能安排补休的，应支付不低于工资200%的加班费。
   结论：若企业已安排调休（即补休），则无需支付加班费，此情形合法；若未安排调休且未支付加班费，则违法。

2. 工作日延长加班/法定节假日加班

   • 工作日延长加班（如每天加班超过8小时部分），企业必须支付不低于工资150%的加班费，不得以调休替代。
     
   • 法定节假日加班（如春节、国庆等），企业必须支付不低于工资300%的加班费，同样不得以调休替代。
     结论：此两种情形下，企业以调休代替加班费的行为违法。

二、若企业违法，如何起诉

1. 确认违法事实

   • 收集证据：考勤记录（如打卡记录、加班审批单）、工资条（显示未支付加班费）、劳动合同（约定工作时间及加班条款）、与企业的沟通记录（如邮件、微信要求调休的聊天记录）等。
     
   • 明确违法类型：根据加班时间（工作日/休息日/法定节假日）及企业处理方式（是否安排调休、是否支付加班费），确定具体违法情形。

2. 选择维权途径

   • 协商：直接与企业沟通，要求支付加班费或纠正调休安排（适用于违法情节较轻、企业配合度较高的情况）。
     
   • 投诉：向当地劳动监察大队投诉（可通过12333热线或官网提交材料），劳动监察部门可责令企业限期支付加班费，逾期不支付的可加付赔偿金。
     
   • 仲裁/诉讼：
     
     • 仲裁：向劳动合同履行地或企业所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁（需提交仲裁申请书、证据材料），仲裁裁决具有法律效力，企业不履行可申请法院强制执行。
       
     • 诉讼：对仲裁结果不服的，可在收到裁决书15日内向法院起诉（需提交起诉状、证据材料），法院判决后企业仍不履行的，可申请强制执行。
       建议：优先选择仲裁，程序相对简便且成本较低；若案件复杂或涉及金额较大，可考虑直接诉讼。

3. 注意事项

   • 时效：劳动争议申请仲裁的时效为1年，自知道或应当知道权利被侵害之日起计算（如加班后未支付加班费，时效从应支付之日起算）。
     
   • 证据完整性：确保证据真实、合法且与案件关联，如考勤记录需有企业盖章或负责人签字，工资条需显示未支付加班费的具体项目。
     
   • 专业协助：若对证据收集或法律程序不熟悉，可向我进一步咨询，我将协助梳理证据链、起草法律文书并指导维权策略。

总结：企业以调休代替加班费是否违法需根据加班类型判断，若违法可通过协商、投诉、仲裁或诉讼维权。建议优先收集证据并明确违法事实，再选择合适的维权途径。如有具体案件细节需进一步分析，可直接向我咨询。