针对法人已变更但旧法人拒不配合变更职务的问题，可以按照以下步骤和策略来处理：
明确拒绝原因及沟通协商
- 沟通协商：首先，尝试与旧法人进行深入沟通，了解其拒绝配合的具体原因。可能是出于对公司未来发展的担忧、个人利益考虑或其他未明说的原因。通过沟通，可以尝试消除误解，解释变更的必要性，并寻求其理解和支持。
- 明确法律依据：在沟通过程中，可以明确告知旧法人，根据《公司法》及相关规定，法人变更后，其职务也应相应变更，这是法律的要求，也是公司正常运营的需要。
依据公司内部决策机制处理
- 查阅公司章程：检查公司章程中关于法人变更和职务变更的相关规定，确认是否有明确的程序和要求。
- 召开股东会或董事会：如果旧法人仍然拒绝配合，可以提议召开股东会或董事会，就法人变更后职务变更的事项进行审议和表决。根据表决结果，形成正式的决议文件。
- 执行决议：一旦决议通过，应要求旧法人按照决议内容配合完成职务变更手续。如果旧法人仍然拒绝，可以依据决议文件采取进一步措施。
行政登记层面的处理
- 补充或完善材料：如果旧法人的不配合导致行政登记层面出现问题，如材料不全或不符合要求，应及时补充或完善相关材料，确保符合登记机关的要求。
- 申请行政复议或诉讼：如果认为登记机关的拒绝决定不合理或不合法，且旧法人的不配合是导致拒绝的主要原因，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，维护公司的合法权益。
寻求法律救济
- 发送律师函：如果旧法人持续拒绝配合，且沟通协商无果，可以考虑委托律师发送律师函，正式警告旧法人其行为的法律后果，并要求其立即配合完成职务变更手续。
- 提起诉讼：在极端情况下，如果旧法人的行为严重损害了公司的利益，且其他措施均无法奏效，可以考虑向法院提起诉讼，要求旧法人履行配合义务，并可能要求其承担因此造成的损失。
预防措施与后续管理
- 完善公司治理结构：为了避免类似问题的再次发生，公司应完善治理结构，明确各职位的职责和权限，以及变更程序和要求。
- 加强内部沟通：加强公司内部沟通，确保所有相关人员都了解法人变更和职务变更的重要性和必要性，以及可能面临的法律后果。
- 建立应急机制：建立应急机制，以应对可能出现的类似问题，确保公司能够迅速、有效地应对并解决问题。
在处理过程中，务必注意以下几点：
- 保持冷静和理性，避免情绪化行为导致问题复杂化。
- 确保所有行动都符合法律法规的要求，避免违法违规行为。
- 及时咨询专业律师（即我本人，陈晓辉律师，专注于公司事务、股权转让领域），获取具体的法律建议和策略支持。
希望以上建议能对你有所帮助。如果有任何进一步的问题或需要更具体的法律建议，请随时向我咨询。