法定节假日加班按底薪的三倍算，在大多数情况下是合法的，但具体是否违法需结合实际情况判断。以下从不同角度为你详细分析：

一、一般情况下的法律规定

根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条第三项的规定，法定休假日安排劳动者工作的，用人单位应当支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。这里的“工资”通常指的是劳动者正常工作时间的工资，而非仅指底薪。但在实践中，如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了加班工资的计算基数为底薪，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么按照底薪的三倍支付加班工资也是合法的。不过，这种规定应当公平合理，且需经过劳动者的同意或已在劳动合同中明确约定。

举例说明：假设某员工的月工资由底薪3000元和绩效奖金2000元组成，劳动合同中约定加班工资的计算基数为底薪。那么，在法定节假日加班时，用人单位应按照底薪3000元的三倍，即9000元的标准支付加班工资（若按日计算，则需根据当月实际工作天数进行折算）。

二、特殊情况下的合法情形

尽管一般情况下法定节假日加班应支付三倍工资，但也存在一些特殊情形：

1. 特殊工时制度：

   • 不定时工作制：对于某些因工作性质特殊无法按照标准工时制度进行工作的劳动者（如企业高级管理人员、销售人员、长途运输人员等），经批准可以实行不定时工作制。在这种情况下，法定节假日加班的工资计算方式和支付标准可能由用人单位与劳动者在劳动合同或规章制度中另行约定，不一定严格遵循三倍工资的规定。
   • 综合计算工时工作制：对于一些受季节、资源、市场等因素影响生产任务不均衡的企业，经批准可以实行综合计算工时工作制。在综合计算周期内，只要劳动者的总工作时间不超过法定标准工作时间总数，用人单位就无需支付法定节假日加班的三倍工资；但如果超过，超出部分应按照不低于工资的300%支付工资报酬。

2. 劳动者自愿加班且无单位安排：如果劳动者在法定节假日出于个人原因自愿加班，且用人单位没有安排其加班（即用人单位对劳动者的加班行为不知情或未进行任何形式的加班安排和审批），这种情况下用人单位可以不支付三倍工资。但这种情况较为少见，且用人单位需承担举证责任，证明加班行为确系劳动者自愿且未经单位安排。

三、劳动者权益保护措施

如果用人单位未按规定支付法定节假日加班的三倍工资（或按底薪计算但底薪本身不合理），劳动者可以采取以下措施来维护自己的权益：

1. 与用人单位协商：首先尝试与用人单位进行沟通，明确指出其未按照法律规定支付节假日加班费的问题，并要求支付应得的报酬。通过友好协商，往往能够迅速解决问题，避免进一步的纠纷。

2. 向劳动监察部门投诉：若协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门提交投诉，并提供相关工作证明、加班记录等必要材料。劳动监察部门将依法对用人单位进行调查，并责令其改正违法行为，支付相应的工资报酬。

3. 申请劳动仲裁：如果经过上述途径仍未能解决问题，劳动者可以向当地劳动争议仲裁委员会提出仲裁申请。通过仲裁程序，劳动者可以要求用人单位支付法定节假日的三倍工资以及可能涉及的其他赔偿。若对仲裁结果不满意，还可以在规定时间内向人民法院提起诉讼，以进一步维护自己的合法权益。

总结：法定节假日加班按底薪的三倍算，在大多数情况下是合法的，但具体是否违法需结合劳动合同、公司规章制度以及实际加班情况来判断。劳动者应了解自己的权益和保护措施，确保在法定节假日加班时能够获得应有的报酬。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。