关于闲置宅基地合作建房协议书在拆迁之后是否有效的问题，这主要取决于协议书的具体内容、签订背景以及拆迁时的相关法律法规和政策。以下是从不同角度进行的分析：

1. 协议书内容合法性：

   • 如果合作建房协议书是在双方自愿、平等、公平的基础上签订的，且内容不违反法律法规的强制性规定，那么该协议书在法律上是有效的。
   • 协议书中应明确双方的权利和义务，包括宅基地的使用权、房屋的产权归属、拆迁补偿的分配等。如果这些条款清晰明确，且符合相关法律法规，那么拆迁后协议书仍然有效。

2. 宅基地使用权问题：

   • 宅基地使用权是农村集体土地使用权的一种，其转让、出租等受到严格限制。如果合作建房协议书涉及宅基地使用权的转让或出租，且未经相关部门批准或违反相关规定，那么该协议书可能因违法而无效。
   • 在拆迁时，如果宅基地使用权存在争议或违法情况，可能会影响拆迁补偿的分配和协议书的效力。

3. 拆迁政策与补偿：

   • 拆迁政策和补偿标准通常由地方政府制定，并会考虑到宅基地的使用权、房屋的产权等因素。如果合作建房协议书中的条款与拆迁政策相冲突或不符合补偿标准，那么协议书在拆迁时可能无法得到完全执行。
   • 然而，如果协议书中的条款与拆迁政策不冲突，且双方能够就拆迁补偿达成一致意见，那么协议书在拆迁后仍然可以部分或全部有效。

4. 实际操作建议：

   • 在签订合作建房协议书前，建议双方咨询当地土地管理部门或法律专业人士，确保协议书内容合法合规。
   • 在拆迁前，双方应再次确认协议书中的条款，特别是关于拆迁补偿的分配，以避免拆迁时产生纠纷。
   • 如果拆迁时协议书存在争议或无法执行，双方可以通过协商、调解或诉讼等方式解决纠纷。

总结来说，闲置宅基地合作建房协议书在拆迁之后是否有效，取决于协议书的内容合法性、宅基地使用权问题、拆迁政策与补偿以及双方的实际操作。如果协议书内容合法合规，且双方能够就拆迁补偿达成一致意见，那么协议书在拆迁后仍然可以部分或全部有效。然而，如果协议书存在违法情况或与拆迁政策相冲突，那么其效力可能会受到影响。因此，在签订合作建房协议书和面临拆迁时，建议双方谨慎处理并咨询专业法律人士的意见。

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