结论前置：针对您提出的“业委会擅自使用公共收益做小区改造项目，业主如何确定损失”的问题，业主可以通过明确损失范围、收集相关证据、参考市场价格及专业评估等方式来确定损失，并有权依据相关法律法规申请撤销业委会的该决定。

一、确定损失的具体方法

1. 明确损失范围：

   • 业主应首先明确业委会擅自使用的公共收益具体用于了哪些小区改造项目，以及这些项目是否属于业委会的职权范围。若项目不属于业委会职权范围或未经业主大会同意，则可能构成对业主权益的侵害。
   • 损失范围应包括直接损失（如公共收益的减少）和间接损失（如因改造项目不当导致的房屋价值下降、居住环境恶化等）。

2. 收集相关证据：

   • 业主应收集业委会擅自使用公共收益的相关证据，包括会议记录、表决结果、财务支出凭证、改造项目合同等。
   • 同时，业主还可以收集其他业主的证言、照片、视频等证据，以证明改造项目的实际情况及对业主权益的影响。

3. 参考市场价格及专业评估：

   • 对于因改造项目不当导致的房屋价值下降等间接损失，业主可以参考周边类似房屋的市场价格进行估算。
   • 若损失难以直接估算，业主可以委托专业评估机构进行评估，以获取更准确的损失数额。

二、申请撤销业委会决定的法律依据及流程

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第二百八十条的规定，业主大会或业主委员会的决定对业主具有法律约束力。若这些决定侵害了业主的合法权益，受侵害的业主有权请求人民法院予以撤销。
   • 同时，《物业管理条例》第十二条和第十九条也规定了业主大会和业主委员会的职权范围及作出决定的程序要求，若业委会的决定违反这些规定，业主同样有权申请撤销。

2. 申请撤销的流程：

   • 证据收集：业主需全面收集能证明业委会决定存在可撤销情形的证据，如上述提到的会议记录、表决结果、财务支出凭证等。
   • 撰写起诉状：在证据充分的基础上，业主需向有管辖权的人民法院提交起诉状，明确原告和被告的基本信息，详细阐述诉讼请求及事实和理由。
   • 立案与审理：法院收到起诉状后，将进行审查。若符合立案条件，法院将予以立案，并安排开庭审理。在庭审过程中，业主需出示收集的证据，进行陈述和辩论。法院将根据双方提交的证据和庭审情况，依法作出是否撤销业委会决定的判决。

三、实际操作建议

1. 及时行动：业主在发现业委会擅自使用公共收益后，应及时采取行动，收集证据并准备申请撤销决定，以避免损失进一步扩大。
2. 团结其他业主：业主可以联合其他受侵害的业主共同申请撤销决定，以增强申请的力量和效果。
3. 关注后续处理：若法院判决撤销业委会的决定，业主还应关注后续处理情况，如公共收益的返还、改造项目的整改等，以确保自身权益得到切实保障。

四、可能面临的法律后果

• 若业主成功申请撤销业委会的决定，业委会需承担相应的法律责任，包括返还擅自使用的公共收益、赔偿业主因此遭受的损失等。
• 若业主未能成功申请撤销决定，但业委会的决定确实存在违法或不当之处，业主仍可以通过其他途径（如向相关部门投诉、提起行政诉讼等）维护自身权益。

综上所述，业主在确定业委会擅自使用公共收益造成的损失时，应明确损失范围、收集相关证据、参考市场价格及专业评估等方式进行。同时，业主还有权依据相关法律法规申请撤销业委会的该决定，并在必要时寻求我的法律帮助以确保自身权益得到有效维护。