机关内部科室以自己名义作出的行政行为，一般会被认定为无效行政行为，法院通常会判决撤销或确认该行为无效，但需结合具体情形判断。具体分析如下：

1. 主体资格与法律后果
   根据《行政诉讼法》及相关司法解释，行政行为的合法性需以主体适格为前提。机关内部科室作为行政机关的内设机构，通常不具备独立对外行使行政职权的主体资格，除非法律、法规明确授权（如《税收征收管理法》中税务所的特定权限）。若科室未经授权以自己名义作出行政行为，属于主体不适格，法院可直接依据《行政诉讼法》第70条（主要证据不足、适用法律错误、违反法定程序、超越职权、滥用职权、明显不当）或第75条（行政行为有实施主体不具有行政主体资格或者没有依据等重大且明显违法情形），判决撤销或确认无效。

2. 例外情形：法律授权或行政机关委托

   • 法律授权：若单行法律、法规明确赋予内设科室特定行政职权（如公安派出所的治安处罚权），则科室以自己名义作出的行为可能被认定为合法。此时需审查授权范围是否覆盖涉案行为，若超出授权范围，仍属违法。
     
   • 行政机关委托：若科室行为系受行政机关委托作出，根据《行政处罚法》第20条，应以委托机关名义实施。若科室以自己名义实施，可能因程序违法被撤销，但若相对人明知委托关系，法院可能认定行为效力归属于委托机关，仅判决程序违法而非撤销。

3. 实践中的裁判倾向
   司法实践中，法院对内设科室行为的审查重点包括：

   • 名义与职权匹配性：科室是否以自己名义对外，且行为内容是否属于其法定职权范围；
     
   • 相对人合理信赖：若相对人无过错且已履行义务（如缴纳罚款），法院可能基于保护相对人权益，判决确认行为违法但不撤销（如《行政诉讼法》第74条“行政行为违法但不具有可撤销内容”）；
     
   • 责任归属：若行为被撤销或确认无效，责任通常由设立科室的行政机关承担，科室负责人可能因故意或重大过失被追责。

建议：若您面临此类行政争议，需重点收集以下证据：

1. 涉案科室的职权依据（法律、法规、规章或委托文件）；
   
2. 行政行为作出时的名义、程序及内容；
   
3. 相对人是否明知科室无权或存在其他过错。
   

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