结论：逾期后银行从未签协议从银行卡里扣款是否合法，需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、银行扣款行为的合法性基础
合同约定：
- 若贷款合同中明确约定了银行在借款人逾期时有权从其关联账户中扣款以偿还债务，且该条款不违反法律法规的强制性规定，则银行的行为具有合法性。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人可以约定一方根据对方的要求履行债务，也可以约定由第三人向债权人履行债务。在此情况下，若合同中有明确约定，银行扣款行为即符合合同约定。
法定权利：
- 在某些情况下，银行可能依据法律规定享有对借款人财产的优先受偿权，但这通常需要经过法律程序，如诉讼、执行等，而非直接扣款。
- 注意：若银行未经法律程序直接扣款，可能涉嫌侵犯借款人的财产权。
二、未签协议情况下银行扣款的合法性分析
无合同约定时的扣款：
- 若贷款合同中未明确约定银行在逾期时有权从借款人银行卡中扣款，且双方也未就此达成补充协议，则银行未经借款人同意擅自扣款的行为可能构成违约或侵权。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。在此情况下，若无法确定扣款权利，银行扣款行为即缺乏合法依据。
银行扣款的程序要求：
- 即使合同中有约定，银行在扣款时也应遵循一定的程序要求，如提前通知借款人、确保扣款金额准确无误等。
- 若银行未遵循程序要求：即使合同中有约定，银行也可能因程序违法而承担相应的法律责任。
三、法律建议与后续行动
核查合同条款：
- 借款人应首先核查贷款合同中是否明确约定了银行在逾期时有权从其银行卡中扣款。
与银行沟通：
- 若合同中无明确约定或银行扣款行为存在程序违法，借款人应及时与银行沟通，要求银行停止扣款并返还已扣款项。
寻求法律救济：
- 若银行拒绝停止扣款或返还已扣款项，借款人可以向当地银保监会投诉，或者通过诉讼途径维护自己的合法权益。
总结与进一步思考：逾期后银行从未签协议从银行卡里扣款是否合法，需根据合同约定、法定权利以及扣款程序等多方面因素进行综合判断。作为借款人，在面临此类情况时，应首先核查合同条款，与银行进行沟通，并在必要时寻求法律救济。若您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。