当破产管理人在执行职务过程中发现股东存在职务侵占行为时，这是一个涉及法律严肃性和破产程序公正性的重要问题，必须按照法律程序严谨处理。以下是详细的处理步骤和建议：
一、立即报告并启动调查
立即报告：一旦发现股东有职务侵占的嫌疑，破产管理人应立即向当地公安机关报告此事。这是因为职务侵占行为不仅侵害了公司、企业的合法财产权益，还可能干扰破产程序的正常进行。
启动调查：在报告的同时，破产管理人应着手进行初步的调查工作，包括但不限于审查财务账目、查阅相关合约、获取证人证词等，以收集足够的证据来支持后续的刑事指控。
二、协同公安部门进行深入调查
提供资料：破产管理人应积极配合公安部门的调查工作，为其提供及时且必需的资料及援助服务。这包括但不限于提供财务记录、交易凭证、合同文件等关键证据。
协助取证：在公安部门的指导下，破产管理人可以协助进行现场勘查、询问证人、调取监控录像等取证工作，以确保调查的全面性和准确性。
三、法律程序与刑事处罚
立案侦查：公安部门在接到报告后，会启动立案侦查程序，对涉嫌职务侵占的股东进行深入调查。
审查起诉：如果侦查结束后认为存在犯罪事实且需要追究刑事责任，公安部门会将案件移送给检察院进行审查起诉。检察院会对整个案件进行全面审查，包括证据的合法性、充分性等。
提起公诉：如果检察院认为符合起诉条件，会向法院提起公诉。法院会按照法律规定来审理这个案子，根据事实和法律作出判决。
刑事处罚：根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，如果股东被判定犯有职务侵占罪，将面临严厉的刑事处罚。具体处罚力度取决于侵占的数额和其他相关情节，可能包括有期徒刑、拘役以及罚金等。
四、违法所得的退赔与破产程序的推进
违法所得的退赔：一旦罪名成立，股东通过职务侵占所获得的违法所得将被责令退赔，返还给受到损害的相关方，如公司、企业或其他债权人。
破产程序的推进：破产管理人应确保在处理职务侵占案件的同时，不干扰破产程序的正常进行。这包括继续履行破产管理人的职责，如管理破产财产、处理债权债务关系等。
五、维护法律尊严与市场秩序
处理股东职务侵占行为不仅关系到个人的自由和财产，更对破产程序的公正推进有着重大影响。它可能损害债权人等各方的利益，因此相关部门会秉持严肃态度处理此类案件，以此维护法律的尊严以及市场的正常秩序。
综上所述，当破产管理人发现股东有职务侵占行为时，应立即报告并启动调查，协同公安部门进行深入调查，遵循法律程序进行刑事处罚，并确保违法所得的退赔与破产程序的顺利推进。