结论前置：

1. 公司持有未经备案的公章可能涉嫌违法，公安机关有权依据相关法律法规进行处理。
2. 备案公章具有最高法律效力，未经备案的公章效力认定复杂，可能不对公司具有约束力。

详细分析：

一、合法性问题

正常情况下，公司应仅持有一枚经公安机关备案的公章，该公章具有最高的法律效力。若公司持有未经备案的公章，可能涉嫌违法。根据《中华人民共和国治安管理处罚法》第五十二条的规定，伪造、变造或者买卖国家机关、人民团体、企业、事业单位或者其他组织的公文、证件、证明文件、印章的，处十日以上十五日以下拘留，可以并处一千元以下罚款；情节较轻的，处五日以上十日以下拘留，可以并处五百元以下罚款。虽然该条款直接针对的是伪造、变造或买卖印章的行为，但持有未经备案的公章，尤其是如果该公章被用于非法活动，也可能间接涉及违法问题，公安机关有权对此进行调查和处理。

二、法律效力问题

1. 备案公章：在各类民事法律行为、经济往来、诉讼活动中，备案公章具有当然的法律效力。使用备案公章签署的文件或合同，通常被视为公司的真实意思表示，对公司具有约束力。

2. 未经备案公章：其效力认定复杂。如果相对人有合理理由相信该公章代表公司意思表示，或者公司事后进行了追认，那么该公章签署的文件或合同可能被认定为有效。然而，如果公司未进行追认，且相对人无合理理由相信该公章的有效性，那么该公章签署的文件或合同可能不对公司具有约束力。

三、管理混乱与法律责任不清

公司持有两枚或以上公章，尤其是其中一枚未经备案，可能导致内部管理混乱。文件、合同等法律文件可能因使用不同公章而出现不一致，难以追踪和确认。在法律纠纷中，多枚公章可能导致责任归属不明确，难以追究相关人员的法律责任。这不仅增加了公司的法律风险，也可能损害公司的声誉和利益。

四、建议措施

1. 统一公章管理：公司应建立严格的公章管理制度，确保仅持有一枚合法有效的公章（或明确少数几枚公章的具体用途和使用权限）。公章应由专门的部门或人员负责保管和使用，并登记每次使用的详细情况。

2. 加强内部控制：确保公章的使用符合公司的授权和审批流程。对于需要使用公章的文件或合同，应经过相关部门或人员的审核和批准。通过内部控制措施防止公章的滥用和盗用。

3. 法律风险防范：在使用公章时，应严格遵守相关法律法规和合同约定。对于重要的法律文件，建议咨询专业律师进行审查和指导，以确保其合法性和有效性。

4. 及时清理与备案：对于不再使用的公章，应及时按照规定程序进行销毁，并办理相关备案注销手续。如果有新的业务用章需要启用，要确保依法依规进行备案。

五、公安机关的处理方式

如果公安机关发现公司持有未经备案的公章，可能会进行调查，并根据调查结果依法进行处理。处理方式可能包括警告、罚款、没收公章等，具体取决于违法行为的性质和情节。

作为专业律师，我建议公司严格遵守公章管理规定，确保公章的合法、有效和安全使用。如有任何法律问题或疑虑，请直接向我咨询。