结论：个税申报上显示有收入，但实际并非由申报公司直接发放，而是由子公司账户发放，这一行为是否合法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
税务合规性角度：
- 合法情形：如果母公司与子公司之间存在合法的资金调配或代发工资协议，且该行为符合税法规定，如已按照税法规定代扣代缴个人所得税，并正确申报了相关收入，那么这种由子公司账户发放工资的行为是合法的。在此情况下，个税申报上显示有收入，且收入来源与实际情况相符（即虽由子公司发放，但属于母公司应支付给员工的工资薪金），则不构成违法。
- 违法情形：如果母公司与子公司之间没有合法的资金调配或代发工资协议，或者虽然存在协议但未按照税法规定代扣代缴个人所得税，或者申报的收入与实际情况不符（如虚报收入以逃避税收），则这种行为可能构成违法。税务机关有权对此进行调查，并根据调查结果作出相应的税务处理或处罚。
公司内部管理角度：
- 合规管理：从公司内部管理的角度来看，母公司应确保与子公司之间的资金调配和代发工资行为符合公司内部规章制度和财务管理要求。如果公司内部有明确规定禁止此类行为，或者此类行为未经过适当审批，则可能构成公司内部违规。
- 风险防控：母公司应加强对子公司账户的管理和监控，确保资金使用的合规性和透明度。同时，应建立健全的内部控制机制，防止因资金调配不当而引发的税务风险和法律风险。
法律建议：
- 审查协议：如果母公司与子公司之间存在资金调配或代发工资协议，应仔细审查协议内容，确保协议合法有效，并符合税法规定。
- 合规申报：在申报个人所得税时，应确保申报的收入与实际情况相符，并按照税法规定代扣代缴个人所得税。
- 加强管理：母公司应加强对子公司账户的管理和监控，建立健全的内部控制机制，防止因资金调配不当而引发的税务风险和法律风险。
可能后果：如果上述行为被税务机关认定为违法，可能面临税务处罚，包括但不限于补缴税款、滞纳金、罚款等。同时，如果行为构成公司内部违规，还可能面临公司内部的纪律处分。
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