当行政机关收到虚开的发票时，会根据相关法律法规进行一系列处理。以下是对此问题的详细解答：

首先，对于虚开的增值税专用发票，税务机关会依据《中华人民共和国税收征收管理法》及相关规定进行处理。具体来说：

1. 受票方利用虚开发票偷税：

   • 如果受票方利用他人虚开的专用发票向税务机关申报抵扣税款进行偷税，税务机关将追缴税款，并处以偷税数额五倍以下的罚款。
   • 如果进项税金大于销项税金，税务机关还会调减其留抵的进项税额。
   • 若利用虚开的专用发票进行骗取出口退税，同样会依法追缴税款，并处以骗税数额五倍以下的罚款。

2. 购货方从非正规渠道取得发票：

   • 在货物交易中，如果购货方从销售方取得第三方开具的专用发票，或者从销货地以外的地区取得专用发票，并向税务机关申报抵扣税款或申请出口退税，这将被视为偷税或骗取出口退税行为，税务机关将依法追缴税款，并处以相应罚款。

3. 未申报抵扣或未申请出口退税：

   • 如果纳税人以上述方式取得专用发票但未申报抵扣税款或未申请出口退税，税务机关将依据《中华人民共和国发票管理办法》及有关规定，按所取得专用发票的份数分别处以1万元以下的罚款。
   • 如果知道或应当知道取得的是虚开的专用发票，或者让他人为自己提供虚开的专用发票，将会从重处罚。

4. 构成犯罪的处理：

   • 如果利用虚开的专用发票进行偷税、骗税行为构成犯罪，税务机关将依法进行追缴税款等行政处理，并移送司法机关追究刑事责任。

另外，对于购货方善意取得虚开的增值税专用发票的情况，即购货方与销售方存在真实交易，且不知发票是虚开的情况下，税务机关将按以下方式处理：

• 购货方不按偷税或骗取出口退税论处，但应按有关规定不予抵扣进项税款或不予出口退税。
• 如果购货方已经抵扣的进项税款或取得的出口退税，应依法追缴。
• 购货方能够重新从销售方取得合法、有效专用发票，或取得销售方所在地税务机关对销售方虚开行为查处证明的，税务机关应依法准予抵扣进项税款或出口退税。

综上所述，行政机关收到虚开的发票时，会根据具体情况依法进行处理，包括追缴税款、罚款、调减留抵税额、移送司法机关追究刑事责任等措施。同时，对于善意取得虚开发票的情况，也有相应的处理规定。