非法集资员工自己投资的钱，在法律上一般不能直接扣除，但具体处理需视情况而定。以下从不同角度为你详细分析：
一、法律原则与规定
在非法集资案件中，员工自己投资的钱，本质上也是非法集资行为的一部分资金。根据相关法律法规，非法集资所获得的资金，包括员工自己的投资，通常都需要被追缴并返还给集资参与人。这是因为非法集资行为本身具有违法性，其资金来源和去向都受到法律的严格监管和限制。
二、具体情形分析
员工是否知情：
- 如果员工在投资时并不知情该行为属于非法集资，且没有从中获取非法利益（如提成、奖金等），那么在案件处理过程中，员工可能会被视为受害者之一。但即便如此，其投资的钱款仍然需要被追缴，只是可能在后续的返还过程中，会按照一定的比例或顺序进行分配。
- 如果员工明知是非法集资行为而参与投资，甚至从中获取非法利益，那么员工不仅投资的钱款需要被追缴，还可能面临法律责任，如非法吸收公众存款罪或集资诈骗罪的共犯等。
投资款项的性质：
- 如果员工的投资款项已经与其他非法集资款项混同，难以区分，那么这些款项将一并被追缴并返还给集资参与人。
- 如果员工的投资款项能够单独区分，且员工能够提供充分的证据证明其投资行为与非法集资行为无关（这种情况较为罕见），那么理论上这些款项可能不需要被追缴。但在实际操作中，这种证明难度极大，且需要严格的法律程序和证据支持。
案件处理阶段：
- 在案件侦查阶段，公安机关会依法对非法集资款项进行查封、扣押、冻结等措施，包括员工自己的投资款项。
- 在案件审查起诉和审判阶段，法院会根据案件事实和法律规定，对非法集资款项进行追缴和返还处理。员工可以提出自己的主张和证据，但最终是否能够扣除或返还，需由法院依法判决。
三、法律建议
- 积极配合调查：如果员工涉及非法集资案件，应积极配合公安机关、检察机关和法院的调查工作，如实陈述事实，提供相关证据。
- 寻求法律帮助：员工可以咨询专业律师，了解自己的法律权利和义务，以及案件的处理流程和可能的结果。律师可以根据具体情况，为员工提供法律建议和辩护策略。
- 关注案件进展：员工应关注案件的进展情况，及时了解自己的投资款项是否被追缴、返还以及返还的比例和顺序等信息。
总结来说，非法集资员工自己投资的钱在法律上一般不能直接扣除，但具体处理需根据员工是否知情、投资款项的性质以及案件处理阶段等因素进行综合判断。如果你或你身边的人涉及此类问题，建议直接向我咨询，我会根据具体情况为你提供更详细的法律建议和帮助。