企业不给合并开发票一般是不合法的，但需分情况讨论：

1. 从发票管理法规角度
   根据《中华人民共和国发票管理办法》第十九条，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票。这意味着，只要企业发生了应税销售行为（如销售货物、提供劳务等），无论客户要求分开开票还是合并开票，企业都有义务按客户要求开具发票。若企业以“系统无法合并”“内部规定不允许”等理由拒绝，属于违法行为，税务机关可责令改正，并处1万元以下罚款；情节严重的，可能面临更高罚款甚至停业整顿。

2. 从合同履行角度
   若企业与客户在合同中明确约定“合并开具发票”（例如合同条款写明“乙方应在收款后5个工作日内合并开具增值税专用发票”），则企业拒绝合并开票构成违约行为。客户可依据《民法典》第五百七十七条，要求企业继续履行（如补开发票）、赔偿损失（如因无法合并开票导致的多缴税款、财务成本增加等），甚至解除合同。

3. 特殊情形下的例外
   若企业能证明合并开票存在客观障碍（如税务系统限制、分属不同税目无法合并等），且已向客户充分说明并提供替代方案（如分开开票后出具说明函），可能不构成违法。但需注意：企业需留存系统截图、税务机关出具的证明等证据，否则仍可能被认定为故意拒开。

建议：若您遇到企业拒绝合并开票，可先与企业沟通，要求其出具书面拒绝理由及依据；若沟通无果，可向当地税务机关举报（拨打12366纳税服务热线），或依据合同约定通过诉讼/仲裁主张权利。如有具体案例细节（如合同条款、企业拒绝理由等），可进一步向我咨询，我会结合证据为您分析维权路径。