结论前置：单位仅通过职工代表讨论就决定用事假抵扣年假，并不一定合法。合法性取决于是否事先与员工达成协议，并征得员工的同意，以及是否遵守了相关法律法规。
详细分析：
员工同意与自主处分：
- 年假是员工的法定权利，员工有权自主安排其休假时间。如果单位希望用事假抵扣年假，必须事先与员工进行充分的沟通协商，并确保员工明确同意这一安排。员工同意抵扣，即视为对自身权利的合法处分。
规章制度的有效性：
- 若单位有明确的规章制度，规定在特定情况下可以用事假抵扣年假，且该规章制度在制定时经过了民主程序讨论（如职工代表大会讨论），并向员工进行了公示，那么这种规定可能被认定为有效。但即便如此，也需确保员工对抵扣安排有明确的了解并同意。
法律法规的具体规定：
- 根据《职工带薪年休假条例》第五条，单位根据生产、工作的具体情况，并考虑职工本人意愿，统筹安排职工年休假。这意味着，在尊重员工意愿的前提下，单位有权安排年休假，包括可能的抵扣安排。但关键在于“考虑职工本人意愿”，未经员工同意擅自抵扣是不合法的。
- 同时，该条例也规定了单位确因工作需要不能安排职工休年休假的，经职工本人同意，可以不安排职工休年休假，并对职工应休未休的年休假天数，按照该职工日工资收入的300%支付年休假工资报酬。这进一步强调了员工同意的重要性。
不合法情况分析：
- 如果单位未经员工同意，擅自将事假抵扣年假，这侵犯了员工自主安排年假的权利，是不合法的。
- 另外，如果单位的规章制度在制定时没有经过民主程序讨论，或未向员工公示，那么即使其中有关于事假抵扣年假的规定，该规定也是无效的。以这样的规定来抵扣年假，同样是不合法的。
员工权益保护与救济途径：
- 如果员工认为单位用事假抵扣年假的行为侵犯了自己的合法权益，首先应与单位进行沟通协商，要求单位纠正错误做法。
- 若协商不成，员工可以向当地劳动监察部门投诉，要求维护自己的合法权益。
- 员工还可以选择申请劳动争议仲裁，通过法律途径来维护自己的年假权益。
总结与建议：
- 单位在决定用事假抵扣年假时，必须确保事先与员工进行了充分的沟通协商，并征得了员工的明确同意。
- 同时，单位应确保相关规章制度经过了民主程序讨论并向员工公示，以确保其合法性。
- 员工在面对单位的不合理安排时，应积极维护自己的合法权益，通过沟通协商、投诉或仲裁等途径来解决问题。
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