结论前置：在通知供应商关于逾期违约金调整事宜时，应确保通知内容正式、明确且具备法律效力，同时体现双方协商的结果。以下是具体的通知方式及内容要点：
书面通知形式：
- 正式函件：以公司名义向供应商发送正式函件，明确说明因供应商逾期交货，原约定违约金为四五万元，但经双方友好协商，现同意将违约金调整为五千元。函件中应包含双方公司名称、协商日期、原违约金金额、调整后违约金金额、调整原因及双方签字或盖章区域。
- 电子邮件：若双方习惯使用电子邮件沟通，可发送一封正式电子邮件，内容同上，但需确保邮件格式规范，包含主题、正文、附件（如有）及发送人、接收人信息。邮件正文应明确表达协商结果，并附上双方确认的书面文件扫描件作为附件。
通知内容要点：
- 明确协商结果：在通知中清晰说明双方已就违约金金额达成一致，从原约定的四五万元调整为五千元。
- 体现友好协商：强调此次调整是基于双方友好协商的结果，展现合作精神，避免给供应商留下强制或不平等的印象。
- 确认法律效力：明确指出调整后的违约金金额对双方均具有法律约束力，要求供应商遵守并按时履行相关义务。
- 后续行动指引：如有必要，可在通知中说明后续付款、交货等具体事宜的安排，确保双方对后续合作有明确的预期。
法律合规性考虑：
- 合同条款审查：在发送通知前，应审查原合同中关于违约金调整的条款，确保此次调整不违反合同约定或相关法律法规。
- 双方确认：确保供应商已正式确认并接受此次违约金调整，可通过要求供应商在通知上签字盖章或回复确认邮件的方式实现。
- 存档备查：将通知及供应商的确认文件妥善存档，以备后续可能出现的争议或纠纷时作为证据使用。
示例通知内容（以正式函件为例）：
致：[供应商公司名称]
主题：关于逾期违约金调整的通知
尊敬的[供应商公司名称]：
我司与贵司就[具体合同名称及编号]项下的货物交付事宜进行了友好协商。根据原合同约定，若贵司逾期交货，应支付我司违约金人民币四五万元。现经双方充分沟通并达成一致，同意将此次逾期交货的违约金调整为人民币五千元。
此次调整是基于双方长期合作及友好关系考虑，旨在共同应对市场变化，促进双方持续健康发展。调整后的违约金金额对双方均具有法律约束力，请贵司予以遵守并按时履行相关义务。
请贵司在收到本通知后三个工作日内，在本通知上签字盖章并回传至我司，以确认贵司已接受此次违约金调整。如有任何疑问或需进一步沟通，请随时与我司联系。
特此通知。
[公司名称]
[日期]
[签字/盖章区域]
请根据实际情况调整通知内容，并确保通知的正式性和法律效力。如有任何法律疑问或需要进一步的法律支持，请直接向我咨询。