结论：仅以农转非为由，在无征地批文、未合法征收的情况下签订的征收补偿协议，通常是自始无效的。
法律背景与原理分析
征地审批的法定要求：
- 根据《土地管理法》的相关规定，征收土地必须经过严格的法定审批程序。这包括征收永久基本农田、超过规定面积的耕地及其他土地需由国务院批准，以及征收规定范围外的土地需由省、自治区、直辖市人民政府批准。这一规定明确了征地行为的合法前提，即必须获得有权机关的依法审批。
无批文征地协议的违法性：
- 《民法典》明确规定，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。无征地批文进行征地，显然违反了《土地管理法》中关于征地审批程序的强制性要求。因此，基于此类违法征地行为所签订的征收补偿协议，自始无效，不具备任何法律效力。
司法实践中的认定：
- 在司法实践中，如果被征收人以征地未获合法审批为由向法院提起诉讼，请求确认征收补偿协议无效，法院会严格审查征地是否履行了合法审批手续。若查实确无相关批文，法院将依据上述法律规定，判决征收补偿协议无效。
特殊情况与风险提示
特殊情况的处理：
- 尽管在大多数情况下，无批文征地协议会被认定为无效，但在某些复杂情况下，如政府后续补正了审批手续，且该补正符合法定程序和条件，协议的效力认定可能会发生变化。然而，这种情况相对较少见，且必须严格遵循法定流程进行审查和处理。
风险提示：
- 对于被征收人而言，应警惕未经批准的征地行为，避免盲目签订征收补偿协议。在签订协议前，务必仔细查看并核实相关的征地批文，确保征地行为的合法性。这是保障协议有效性和维护自身权益的关键步骤。
- 若遇到无批文征地的情况，被征收人应积极收集证据，如征地公告、协议文本、现场照片等，以便在后续的法律纠纷中维护自己的合法权益。
法律建议
核查征地批文：
- 在签订征收补偿协议前，被征收人应主动要求征收方出示相关的征地批文，并仔细核对批文的真实性、合法性和有效性。
咨询法律意见：
- 若对征地批文的真实性、合法性或征收补偿协议的条款存在疑问，被征收人应及时向我咨询，以获取专业的法律分析和建议。
维护合法权益：
- 若发现征收行为存在违法之处，如无批文征地、补偿不合理等，被征收人应积极采取措施维护自己的合法权益，包括向相关部门投诉、提起行政诉讼或民事诉讼等。
综上所述，仅以农转非为由，在无征地批文、未合法征收的情况下签订的征收补偿协议，通常是自始无效的。被征收人在面对此类情况时，应保持警惕，积极核查征地批文，并在必要时寻求法律帮助以维护自己的合法权益。