针对您提出的“农村集体土地拆迁补偿协议没有批文或者内容有涂改合法有效吗”这一问题，我将从法律角度进行详细分析。
一、关于没有征地批文的情况
法律原则：
- 根据《土地管理法》等相关法律法规，征收土地必须由有批准权的人民政府批准，取得征地批文后才能进行。这是集体土地征收合法的关键前提。
协议效力：
- 在没有征地批文的情况下签订的补偿协议，通常应被认定为无效。因为征地批文是征地行为合法性的基础，缺乏它意味着征地行为本身违法，基于违法征地所签订的补偿协议，其基础不合法。
特殊情况：
- 尽管如此，也存在特殊情况。如果政府后续补办了征地批文，使征地行为得到了合法追认，或者被征收人在签订协议时明知没有征地批文，但基于自身意愿，在充分了解协议内容及可能后果的基础上签订，且协议内容公平合理，那么该补偿协议可能被视为有效。
二、关于协议内容有涂改的情况
法律原则：
- 协议内容的涂改可能涉及协议的真实性和完整性。如果涂改未经双方同意，或者涂改后协议内容与原意不符，那么该涂改可能影响协议的效力。
协议效力：
- 对于内容有涂改的补偿协议，其效力取决于涂改的性质和程度。如果涂改是双方协商一致的结果，且不影响协议的整体意思表示，那么该涂改可能不影响协议的效力。但如果涂改是单方面的，或者涂改后协议内容变得模糊不清、存在歧义，那么该协议可能被视为无效或可撤销。
三、综合建议
核查批文：
- 在签订补偿协议前，务必核查征地批文是否齐全。如果缺乏征地批文，建议不要轻易签订协议，以免后续产生法律纠纷。
审查协议内容：
- 仔细审查协议内容，确保没有涂改或模糊不清的地方。如果发现协议内容有涂改，务必与对方协商确认涂改的性质和程度，并考虑是否需要重新签订协议。
咨询专业律师：
- 在处理此类问题时，建议及时咨询专业律师以获取准确的法律意见和建议。律师可以根据具体情况分析协议的效力，并为您提供相应的法律策略。
综上所述，农村集体土地拆迁补偿协议在没有征地批文或内容有涂改的情况下，其效力存在争议。为了保障您的合法权益，建议在签订协议前仔细核查批文和协议内容，并在必要时咨询专业律师。