机关部门值班人员不在岗，需根据具体情形采取不同处理措施，核心原则是依据单位规章制度及法律法规追究责任。以下从不同角度展开分析：

一、从单位内部管理角度

1. 依据规章制度处理
   机关部门通常有明确的值班制度，若值班人员未经批准擅自离岗，属于违反工作纪律的行为。单位可根据内部规定（如《公务员法》《事业单位工作人员处分暂行规定》或本单位制定的《值班管理办法》）给予处分，包括警告、记过、降级等，具体处分档次需结合离岗时长、造成后果等因素综合判定。
   示例：若因离岗导致紧急事件无法及时处理，造成公共财产损失或社会影响，可能构成“玩忽职守”，单位可依据《行政机关公务员处分条例》第二十条给予记过以上处分。

2. 补救措施与责任追溯
   单位应立即安排其他人员顶岗，确保值班职能正常履行；同时需调查离岗原因（如突发疾病、家庭紧急情况等），若存在合理事由且已履行报备手续，可免除或减轻责任；若为故意离岗，需严肃追责并通报批评。

二、从法律责任角度

1. 行政责任
   若值班人员离岗行为导致国家利益或公共利益受损，可能触犯《行政机关公务员处分条例》第二十条“玩忽职守、贻误工作”条款，除内部处分外，还可能面临行政问责，甚至被追究党政纪责任。
   关键点：需证明离岗行为与损害结果之间存在直接因果关系。

2. 刑事责任（极端情形）
   若值班人员离岗导致重大安全事故（如火灾、泄密等），且符合《刑法》第三百九十七条“滥用职权罪”或“玩忽职守罪”构成要件（如造成死亡1人以上、重伤3人以上、直接经济损失30万元以上等），可能被追究刑事责任，处三年以下有期徒刑或拘役。
   提示：刑事责任需严格满足“严重不负责任”和“重大损失”要件，实践中认定标准较高。

三、从相对人维权角度

若因值班人员离岗导致公民、法人合法权益受损（如紧急事项无法办理、投诉无门等），相对人可通过以下途径维权：

1. 向单位上级主管部门投诉，要求调查处理并书面答复；
   
2. 申请行政复议或提起行政诉讼，若单位未履行法定职责（如应急处置义务），可主张行政不作为违法；
   
3. 要求国家赔偿，若离岗行为被认定为违法且造成直接损失，可依据《国家赔偿法》申请赔偿。

建议：若您是单位管理人员，需完善值班制度并加强监督；若您是相对人，建议固定证据（如录音、录像、书面记录）后依法维权。具体操作可进一步向我咨询细节。