针对虚假登记母女关系已更正为亲生母女关系的情况，法院的处理方式会因具体案件背景、涉及的法律关系及当事人的诉求不同而有所差异，但通常可以从以下几个角度进行分析：
确认亲子关系后的法律后果：
- 一旦虚假登记的母女关系被更正为亲生母女关系，这意味着法律上正式确认了双方之间的亲子关系。这种确认将带来一系列法律后果，如继承权、抚养权、赡养义务等都将按照真实的亲子关系来处理。
- 例如，在继承案件中，亲生子女将享有法定继承权，可以依法继承父母的遗产。而在抚养或赡养案件中，亲生父母或子女将承担相应的抚养或赡养义务。
对之前虚假登记行为的法律评价：
- 虚假登记母女关系可能涉及伪造、变造或者买卖身份证件等违法行为，如果这种行为被查实，相关责任人可能会面临行政处罚甚至刑事责任。
- 然而，一旦虚假登记被更正，且没有造成其他严重后果，法院在处理后续案件时，可能会更侧重于解决因虚假登记而引发的具体法律纠纷，而不是对虚假登记行为本身进行重复评价。但需要注意的是，如果虚假登记行为构成了犯罪，如伪造国家机关证件罪，那么相关责任人仍需承担刑事责任。
法院对相关纠纷的调解或判决：
- 在处理因虚假登记母女关系更正而引发的纠纷时，法院会首先尝试通过调解的方式解决争议。调解可以促使双方当事人达成和解协议，从而节省诉讼成本和时间。
- 如果调解不成，法院将根据事实和法律规定作出判决。判决将明确双方当事人的权利和义务，以及因虚假登记更正而产生的法律后果。例如，在财产分割案件中，法院可能会根据亲生母女关系的确认，重新分配财产份额。
对可能涉及的第三方权益的保护：
- 在处理此类案件时，法院还会考虑可能涉及的第三方权益。例如，如果虚假登记母女关系期间，一方当事人与第三方建立了某种法律关系（如婚姻关系、债权债务关系等），那么法院在处理案件时，需要确保这些第三方权益不受损害。
- 这可能要求法院在判决时，对第三方权益进行明确界定和保护，或者要求当事人在解决纠纷时，充分考虑第三方权益的影响。
具体建议：
- 如果您或您身边的人遇到了类似情况，建议首先收集并整理相关证据材料，如亲子鉴定报告、户籍登记记录等，以证明真实的亲子关系。
- 然后，可以咨询专业律师（即我，张兴花律师，专注于婚姻家庭领域），了解具体的法律程序和可能面临的法律后果。
- 最后，根据律师的建议和案件的具体情况，选择合适的解决方式（如调解、诉讼等）来维护自己的合法权益。
总结来说，法院在处理虚假登记母女关系已更正为亲生母女关系的案件时，会综合考虑多种因素，包括确认亲子关系后的法律后果、对之前虚假登记行为的法律评价、相关纠纷的调解或判决以及对可能涉及的第三方权益的保护等。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。