结论：针对老板补发工资后如何回复的问题，这主要取决于你与老板之间的沟通氛围以及你个人的沟通风格。以下是一些建议的回复方式，供你参考。
一、正式且礼貌的回复
如果你希望以一种正式且礼貌的方式回复老板，可以这样表达：
“老板，非常感谢您及时补发了我的工资差额。我已经仔细核对过了，补发的金额与我之前计算的相符。再次感谢您的理解和支持，我会继续努力工作的。”
这样的回复既表达了感谢，又确认了补发金额的正确性，有助于维护良好的职场关系。
二、简洁明了的回复
如果你希望回复更加简洁明了，可以这样说：
“老板，工资已补发，核对无误，谢谢。”
这种回复方式直接了当，既表达了感谢，又确认了补发情况，适合在较为轻松或高效的沟通环境中使用。
三、考虑后续沟通的回复
如果你认为这次工资差异可能涉及到一些更深层次的问题，或者你希望与老板就工作表现、薪资结构等方面进行更深入的沟通，可以在回复中适当提及：
“老板，非常感谢您补发了我的工资差额。我想借此机会与您沟通一下我的工作表现和薪资结构，看看是否有可以改进或优化的地方。不知道您什么时候方便，我们可以安排一个时间详细聊聊。”
这样的回复不仅表达了感谢，还为后续的沟通留下了空间，有助于促进双方的理解和合作。
四、法律层面的提醒（如适用）
虽然老板已经补发了工资，但如果你认为这次工资差异可能涉及到一些法律问题（如未按时足额支付劳动报酬等），并且你希望老板在未来的工作中更加注意遵守相关法律法规，可以在回复中适当提醒：
“老板，非常感谢您补发了我的工资差额。我想提醒一下，根据《中华人民共和国劳动法》等相关法律法规，用人单位应当按时足额支付劳动者的工资报酬。希望我们在未来的工作中能够继续遵守相关法律法规，共同维护良好的劳动关系。”
法律背景与建议：
希望以上建议能对你有所帮助。如果你还有其他法律问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。