当检察院起诉后发现案件实际上构成无罪的情况，这确实是一个涉及司法公正与被告人权益的重要问题。以下是我为您详细梳理的解答：
一、无罪判决的法律基础与效力
首先，需要明确的是，根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，法院在审理案件时，必须依据事实和法律作出判决。如果法院经过审理认为案件事实清楚，但证据不足以认定被告人有罪，或者被告人根本没有犯罪行为，那么法院将作出无罪判决。这一判决具有终局性和法律效力，标志着刑事诉讼程序的终结，同时也意味着被告人在法律上获得了清白。
二、检察院的应对措施与后续程序
尊重法院判决：
- 检察院在收到法院的无罪判决后，应首先尊重法院的独立审判权。法院的判决是基于对案件事实和法律的全面审查后作出的，具有法律效力。
审查与抗诉：
- 如果检察院认为法院的无罪判决存在错误，如事实认定不清、法律适用不当或审判程序违法等，它有权在收到判决书后五日以内向上一级人民法院提出抗诉。抗诉是检察院对法院判决提出异议的一种法律途径，旨在通过上级法院的重新审理来纠正可能的错误。
内部监督与反思：
- 无论是否提出抗诉，检察院都应对案件进行全面审查，特别是针对批捕、起诉过程中的证据审查、法律适用及办案程序等方面进行反思。如果发现存在不规范行为或过失，应启动内部监督和审查机制，对相关责任人进行纪律处分，并总结经验教训，以改进未来的工作。
三、被告人的权益保障与后续行动
立即释放与恢复名誉：
- 一旦法院作出无罪判决，被告人应立即被释放。同时，被告人有权采取措施恢复其名誉，如通过媒体发表声明、要求相关机关公开道歉等。
申请国家赔偿：
- 如果被告人因错误指控而遭受了损失，如被羁押期间的收入损失、精神损害等，它有权依据《中华人民共和国国家赔偿法》向作出逮捕决定的检察院提出国家赔偿申请。赔偿请求人应提交相关法律文书（如无罪判决书）、身份证明及损害证据等材料。
咨询专业律师：
- 面对复杂的法律程序和后续事务，被告人建议咨询专业律师以获取个性化的法律建议和服务。律师可以帮助被告人理解无罪判决的含义和法律效力，协助准备国家赔偿申请材料，以及提供其他必要的法律支持。
四、司法系统的整体反思与改进
案例分析与总结：
- 检察院和法院都应对此类案件进行全面分析，总结经验教训。特别是要关注证据审查、法律适用及办案程序等方面的不足，以便在未来工作中加以改进。
制度完善与培训：
- 针对发现的问题，司法机关应修改和完善相关工作制度和流程，提高办案质量和司法水平。同时，加强对司法人员的培训和教育，提高他们的法律素养和办案能力。
综上所述，当检察院起诉后发现案件实际上构成无罪时，应尊重法院的独立判决，并通过合法的抗诉、申诉或其他法律途径表达异议（如果认为判决有误）。同时，被告人应积极采取措施维护自身权益，如申请国家赔偿、恢复名誉等。司法机关也应进行反思和改进，以确保司法的公正性和准确性。