结论前置：员工违反公司规定，公司只扣主管绩效工资这一做法是否合法，需分情况讨论，主要取决于公司的规章制度、劳动合同的约定以及具体的事实情况。

1. 若公司规章制度或劳动合同中有明确规定：

   • 如果公司的规章制度或劳动合同中明确规定了，在员工违反公司规定时，公司有权扣除主管的绩效工资作为管理责任的一种体现，并且这种规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司这样做可能是合法的。但这种情况较为特殊，因为通常员工的违规行为应直接关联到其自身的工资或奖金扣除，而非主管。
   • 法律背景：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则订立和履行劳动合同。如果规章制度或劳动合同中的这一条款是双方协商一致的结果，且不违反法律法规，那么它就是有效的。

2. 若公司规章制度或劳动合同中无明确规定，或规定不合理：

   • 如果公司的规章制度或劳动合同中没有明确规定员工违反规定时可以扣除主管的绩效工资，或者这种规定本身不合理（例如，与员工的违规行为无直接关联，或扣除比例过高等），那么公司这样做可能是不合法的。
   • 法律后果：在这种情况下，主管有权向公司提出异议，并要求公司恢复其被扣除的绩效工资。如果公司拒绝，主管可以向劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
   • 法律建议：对于主管而言，首先应与公司进行沟通协商，了解扣除绩效工资的具体原因和依据。如果协商不成，可以收集相关证据（如规章制度、劳动合同、工资条等），向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

3. 从公平性和合理性的角度分析：

   • 即使公司规章制度或劳动合同中有相关规定，但如果这种规定在实施上显得不公平或不合理（例如，员工违规行为轻微，但主管被扣除的绩效工资比例过高），那么这种做法也可能引发争议。
   • 法律原则：在处理劳动纠纷时，应遵循公平、公正、合理的原则。如果公司的做法违背了这些原则，那么它可能面临法律上的挑战。

进一步思考：

• 对于公司而言，应建立合理、公正、透明的绩效考核和奖惩制度，确保员工的违规行为与其自身的工资或奖金扣除直接相关，避免将管理责任不恰当地转嫁到主管身上。
• 对于员工和主管而言，都应了解自己的权益和义务，并在遇到问题时积极寻求法律途径来维护自己的合法权益。

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