公司制定绩效考核并据此扣工资是否合法，主要取决于绩效考核制度的合法性、明确性，扣除比例的合理性，以及扣除后工资是否低于最低工资标准等多个因素。以下是对这一问题的详细分析：
合法情况
绩效考核制度合法且明确
- 劳动合同或规章制度有明确约定：如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了绩效工资的考核标准、发放方式及扣减情形，并且这些规定经过了民主程序制定（如职工代表大会讨论通过），同时已向员工公示或告知，那么公司在员工绩效不达标时扣减绩效工资通常是合法的。例如，公司规定每月绩效工资为工资总额的20%，若员工绩效未达标，可根据具体评分扣减相应比例的绩效工资，但扣减后工资不得低于当地最低工资标准。
- 考核指标具体、程序合法：绩效考核制度内容应具体、清晰，考核程序应公正、合理，避免主观随意性大或模糊不清的指标。如公司设定了明确的销售目标、客户满意度等考核指标，并按照既定程序进行考核，那么根据考核结果扣减绩效工资是合法的。
经济损失赔偿合法
- 当员工因故意或重大过失给公司造成经济损失时，公司可按照劳动合同约定要求其赔偿。但赔偿的扣除需符合《工资支付暂行规定》，即每月扣除部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。例如，员工因疏忽导致公司货物损坏，公司可根据损失情况要求员工赔偿，但赔偿金额需按照上述规定进行扣减。
不合法情况
绩效考核制度不合法或不明确
- 如果绩效考核制度本身不合法，未经过民主程序制定，或考核标准模糊不清、随意变更，或未提前向员工公示告知，那么以绩效考核为由扣除工资是违法的。例如，公司突然更改绩效考核标准，且未提前告知员工，导致员工绩效被评定为不达标并扣减工资，这种行为是违法的。
无正当理由随意扣减
- 公司无正当理由随意扣减员工的绩效工资，或以绩效之名行克扣工资之实（如为惩罚员工、强迫离职等恶意扣减），均属违法行为。例如，公司因员工未参加非工作时间的培训而扣减绩效工资，这种行为缺乏合理性，是违法的。
扣除后工资低于最低工资标准
- 即使绩效考核制度合法，但如果扣除绩效工资后员工的实际工资低于当地最低工资标准，这种扣除也是违法的。最低工资标准是保障员工基本生活的法定底线，公司不得违反。例如，员工月工资为3000元，其中绩效工资为1000元，若因绩效不达标扣减500元绩效工资后，员工实际工资为2500元，低于当地最低工资标准2800元，则这种扣除是违法的。
员工权益维护途径
与用人单位协商解决：员工首先应与用人单位沟通协商，了解扣减绩效工资的具体原因和依据，并表达自己的意见和诉求。通过友好协商，往往能够解决问题，避免不必要的法律纠纷。
向劳动行政部门投诉：若协商无果，员工可向当地劳动行政部门投诉，寻求政府部门的帮助和支持。劳动行政部门会依法对用人单位进行调查处理，维护员工的合法权益。
申请劳动仲裁或提起诉讼：如问题仍无法解决，员工可向劳动仲裁机构申请仲裁，或在必要时向人民法院提起诉讼，通过法律途径来维护自身合法权益。在仲裁或诉讼过程中，员工需要提供充分的证据证明用人单位的违法行为，以便获得法律的支持和保护。
综上所述，公司制定绩效考核并据此扣工资是否合法需综合考虑多个因素。员工在面临此类问题时，应充分了解自己的权益和维权途径，并在必要时寻求我的法律帮助以确保自身权益不受侵害。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。