双休日扣除事假工资的计算方式需分情况讨论，具体如下：

1. 事假发生在工作日
   根据《工资支付暂行规定》，事假期间用人单位可不支付工资。计算时需先确定日工资标准（月工资÷21.75天），再按实际请假天数扣除。例如：月工资5000元，请假1天，则扣除5000÷21.75≈229.89元，当月实发工资为5000-229.89=4770.11元。

2. 事假包含双休日

   • 若双休日不计入请假天数：仅扣除工作日部分工资。例如：请假3天（含1个双休日），实际按2天计算扣除，即扣除229.89×2=459.78元。
     
   • 若双休日计入请假天数：需明确单位规章制度是否允许。若允许，则按请假总天数扣除工资（含双休日不工作天数），但此做法可能涉嫌变相克扣工资，存在法律风险。
     
   • 若双休日正常出勤：需区分情况。若员工在双休日加班后补休，则补休期间不扣工资；若未加班且单位安排调休，则调休期间工资正常发放，事假仍按工作日扣除。

3. 单位规章制度与劳动合同的优先级
   若单位规章制度或劳动合同中明确约定“事假包含双休日需扣除工资”，且该条款不违反法律强制性规定（如不低于最低工资标准），则按约定执行；若无约定或约定违法，则以法律规定为准。

建议：

• 核对劳动合同及单位规章制度中关于事假的具体规定；
  
• 保留请假记录、工资条等证据，若发现工资扣除异常，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁；
  
• 若单位存在违法扣除工资行为，可要求补发工资并主张经济补偿。
  

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