结论：在户籍地法院起诉被告，但当事人（被告）不在户籍地时，通常需要由原告来提供被告的经常居住地证明，以便确定管辖法院。不过，也存在一些特殊情况，下面我会从多个角度详细分析。
一、一般情况下的证明责任
根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释的规定，对公民提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖；被告住所地与经常居住地不一致的，由经常居住地人民法院管辖。这里的“经常居住地”是指公民离开住所地至起诉时已连续居住一年以上的地方，但公民住院就医的地方除外。
证明材料：
- 为了证明被告的经常居住地，原告通常需要提供一系列证据，如居委会或物业公司出具的居住证明、房屋租赁合同、水电燃气缴费记录等。这些证据应当能够证明被告在某一地方连续居住了一年以上。
二、特殊情况下的管辖与证明
身份关系诉讼的特殊规定：
- 对于某些特定的身份关系诉讼，如涉及被监禁的人或被采取强制性教育措施的人的诉讼，管辖法院的规定可能有所不同。在这种情况下，可能由原告住所地人民法院管辖；原告住所地与经常居住地不一致的，由原告经常居住地人民法院管辖。此时，若原告选择在其住所地或经常居住地起诉，则无需提供被告的经常居住地证明。
合同纠纷的特殊规定：
- 因合同纠纷提起的诉讼，可以由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。这意味着，在合同纠纷中，即使被告的经常居住地和户籍地不一致，原告也有权选择向合同履行地的法院提起诉讼。此时，原告需要提供的是合同履行地的相关证据，而非被告的经常居住地证明。
三、实际操作建议
明确诉讼类型：
- 在起诉前，原告应首先明确诉讼的类型，因为不同类型的诉讼可能适用不同的管辖规定。这有助于原告确定需要提供哪些证据来支持其起诉。
积极收集证据：
- 原告应积极收集能够证明被告经常居住地（或合同履行地、原告住所地等，根据诉讼类型而定）的相关证据材料。这些证据材料应当真实、合法、有效，并能够形成完整的证据链。
咨询与准备：
- 在起诉前，原告可以向我咨询相关法律问题，了解具体的起诉流程和所需材料。我会根据原告的具体情况，提供个性化的法律建议和帮助。
四、法律后果
- 如果原告无法提供被告的经常居住地证明，且案件不属于特殊管辖情况，那么法院可能会以被告住所地不在其管辖范围内为由，不予受理原告的起诉。因此，原告在起诉前应务必准备好相关证据材料。
举例说明：
假设原告A因与被告B发生合同纠纷，欲在被告B的户籍地法院起诉。但被告B已离开户籍地，并在另一城市连续居住了一年以上。此时，原告A若想在该城市起诉被告B，就需要提供被告B在该城市的经常居住地证明，如居委会出具的居住证明、房屋租赁合同等。如果原告A无法提供这些证据，且合同履行地也不在该城市，那么法院可能会不予受理原告A的起诉。
总结：在户籍地法院起诉被告，但被告不在户籍地时，原告通常需要提供被告的经常居住地证明。不过，也存在一些特殊情况，如身份关系诉讼和合同纠纷等，可能适用不同的管辖规定。因此，原告在起诉前应明确诉讼类型，并积极收集相关证据材料。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。