当员工申请离职后，公司需要采取一系列措施来确保离职流程的顺利进行，并保障双方的权益。以下是一些详细的步骤和建议：
一、税务操作
更新员工信息：公司应及时在自然人电子税务局扣缴端更新离职员工的相关信息。具体操作是，在【人员信息采集】功能中，据实填报离职日期并进行报送。注意，离职不可直接做零申报。
隐藏离职人员：若希望在人员信息采集页面中不再显示该离职人员，可以点击【人员信息采集】-【更多操作】-【隐藏离职人员】。
提醒离职员工：公司还需提醒离职员工留意对应的个税事项，确保他们了解并履行自己的税务义务。
二、劳动合同与离职证明
出具离职证明：根据《劳动合同法》的规定，用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明。这份证明应包含员工的姓名、身份证号码、入职和离职日期、职位等信息，并加盖公司公章。
办理档案和社会保险关系转移：公司应在十五日内为离职员工办理档案和社会保险关系的转移手续，确保他们的个人档案和社保关系能够顺利衔接。
三、工作交接与工资结算
办理工作交接：员工应按照双方约定办理工作交接，包括交接工作文件、资料、设备等，并确保工作的连续性和稳定性。公司可以制定详细的工作交接清单，以便双方核对和确认。
结算工资：公司应根据员工的实际出勤情况和工作表现，及时结算并支付离职员工的工资。若员工未按规定办理工作交接就离职，公司可以根据规章制度扣发部分工资，但需确保扣发的金额合理且符合法律法规的规定。
四、保障公司权益
保留证据材料：若员工违法解除劳动合同给公司造成损失，公司应保留好相关证据材料，如工作交接清单、损失评估报告等，以证明员工的违法行为与公司的损失具有因果关系。
追偿经济损失：根据《劳动合同法》的规定，劳动者违法解除劳动合同给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。公司可以通过法律途径向离职员工追偿经济损失，但需确保相关损失具有合理性、明确性，并符合法律法规的规定。
综上所述，当员工申请离职后，公司需要采取一系列措施来确保离职流程的顺利进行，并保障双方的权益。这些措施包括税务操作、出具离职证明、办理档案和社会保险关系转移、办理工作交接与工资结算以及保障公司权益等。