公司离职申请程序通常遵循一定的法律和公司内部规定，以下是一个清晰、详细且具有深度的解答：

一、离职申请的基本程序

1. 提前通知：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第37条，劳动者在正式劳动合同期间内，应提前三十日以书面形式（如辞职信、辞职申请等）通知用人单位，表明离职意愿。
   • 若在试用期内，劳动者只需提前三日通知用人单位即可。

2. 提交离职申请：

   • 将写好的离职申请提交给直接上级或人力资源部门，确保申请中包含离职原因、离职日期等关键信息。
   • 口头申请在试用期内可能被接受，但为了确保流程的正式性和可追溯性，建议还是采用书面形式。

3. 工作交接：

   • 在离职前，与接替者或相关同事进行工作交接，确保工作的连续性和顺利进行。
   • 人力资源部门通常会提供规范的离职员工交接工作表单，明确交接事项、进展进度、联系人及后续工作开展情况。

4. 档案、社保、公积金处理：

   • 完成工作交接后，人力资源部门会确认你的档案、社保、公积金是否已封存或转移。
   • 这是离职手续中的重要环节，确保你的个人权益不受影响。

5. 工资结算：

   • 与公司签订工资结算协议，明确已结算工资的明细，包括基本工资、奖金、津贴等。
   • 协议中应明确说明“协议签订后，工资已经结算完毕，员工和公司之间不存在薪酬的异议”。

6. 开具解除证明：

   • 公司依法为你开具解除劳动合同的证明，这是你离职后办理其他手续（如领取失业保险、再就业等）的重要依据。

二、注意事项

1. 遵守公司规定：

   • 不同公司可能有不同的离职流程和规定，务必遵守公司的具体要求，确保离职手续的顺利进行。

2. 保留证据：

   • 在离职过程中，保留好所有相关的书面文件和沟通记录，以备不时之需。

3. 经济补偿：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第47条，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限计算。但需注意，依据第37条单方解除劳动合同的劳动者通常不支持经济补偿金，除非存在特定情形（如公司违法解除等）。

4. 职业操守：

   • 在离职前，继续履行好工作职责，保持职业操守，不泄露公司机密或进行其他损害公司利益的行为。

综上所述，公司离职申请程序涉及多个环节，包括提前通知、提交离职申请、工作交接、档案社保公积金处理、工资结算以及开具解除证明等。在离职过程中，务必遵守公司规定和法律法规，确保自己的权益不受损害。