结论：股东一般不可以直接申请作废公章，但可以通过特定法律程序来应对法定代表人不交回公章的情况。
分析说明：
公章的法律意义：
- 公章是公司的重要法律文件签署工具，具有法律效力。它代表了公司的意志，用于对外签订合同、发布文件等。
- 法定代表人是公司公章的合法持有者和管理者，但并不意味着其可以随意处置公章。当法定代表人离职或不再担任该职务时，应交回公章。
股东的权利与限制：
- 股东作为公司的投资者，享有公司利润分配、决策参与等权利。
- 然而，股东并不直接拥有对公司公章的管理权。公章的管理通常属于公司管理层或法定代表人的职责范围。
- 因此，股东不能直接申请作废公章，因为这涉及到公司公章的管理和使用权限问题。
应对法定代表人不交回公章的法律程序：
- 内部程序：首先，公司可以尝试通过内部程序解决，如召开股东会或董事会，要求法定代表人在规定期限内交回公章。如果法定代表人拒不交回，公司可以依据公司章程或相关内部规定对其进行处理。
- 法律诉讼：如果内部程序无法解决问题，公司（通常由董事会或股东会代表）可以向法院提起诉讼，要求法定代表人人交回公章。在诉讼过程中，法院会根据相关法律法规和公司章程的规定，判断法定代表人的行为是否合法，并作出相应的判决。
- 申请挂失与重刻：在极端情况下，如果公章确实无法找回，且存在被滥用的风险，公司可以向公安机关申请挂失原公章，并重新刻制新的公章。但这一步骤需要严格遵循相关法律法规和程序要求。
特殊场景：
- 如果法定代表人的行为已经严重损害了公司利益或股东权益，股东可以通过股东会或董事会决议，罢免其法定代表人职务，并选举新的法定代表人。新任法定代表人有权要求原法定代表人交回公章，并处理相关后续事宜。
行动建议：
- 收集证据：公司应收集相关证据，如法定代表人拒不交回公章的书面通知、内部会议记录等，以证明其行为的违法性和对公司造成的损害。
- 咨询专业律师：在处理此类问题时，公司应咨询专业律师的意见，以确保法律程序的合法性和有效性。
- 及时采取行动：一旦发现法定代表人不交回公章的情况，公司应及时采取行动，避免公章被滥用或造成更大的损失。
后续思考依据：
- 在处理此类问题时，公司应充分考虑法律法规的规定、公司章程的约定以及内部管理的实际情况。
- 同时，公司也应关注公章被滥用的风险，并采取相应的防范措施，如加强公章管理、建立公章使用登记制度等。
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