结论：在存疑不起诉后又发现了新证据但已过了追诉时效的情况下，一般而言，将不再追究犯罪嫌疑人的刑事责任。但具体还需根据新证据的性质、追诉时效的法律规定以及是否存在追诉时效中断或延长的情形来综合判断。

分析说明：

1. 存疑不起诉与追诉时效的基本概念：

   • 存疑不起诉，是指检察机关对于经过补充侦查的案件，仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉的决定。
   • 追诉时效，是指刑事法律规定的，对犯罪人进行刑事追究的有效期限，超过此期限，司法机关就不能再行追诉。

2. 新证据发现后的处理：

   • 若在存疑不起诉后发现了新证据，原则上，如果新证据足以证明犯罪嫌疑人有罪，且未超过追诉时效，检察机关可以重新提起公诉。
   • 但若已超过追诉时效，根据《中华人民共和国刑法》第八十七条的规定，犯罪经过下列期限不再追诉：（一）法定最高刑为不满五年有期徒刑的，经过五年；（二）法定最高刑为五年以上不满十年有期徒刑的，经过十年；（三）法定最高刑为十年以上有期徒刑的，经过十五年；（四）法定最高刑为无期徒刑、死刑的，经过二十年。如果二十年以后认为必须追诉的，须报请最高人民检察院核准。因此，在一般情况下，将不再追究犯罪嫌疑人的刑事责任。

3. 追诉时效的中断与延长：

   • 追诉时效的中断，是指在追诉期限以内又犯罪的，前罪追诉的期限从犯后罪之日起计算。若新证据揭示的是在原追诉时效期间内又犯新罪的情况，则可能构成追诉时效的中断，此时需重新计算追诉时效。
   • 追诉时效的延长，是指在人民检察院、公安机关、国家安全机关立案侦查或者在人民法院受理案件以后，逃避侦查或者审判的，不受追诉期限的限制。若犯罪嫌疑人在原案件立案侦查或受理期间逃避侦查或审判，且新证据与此相关，则可能构成追诉时效的延长，此时仍可追究其刑事责任。

特殊场景：

• 若新证据揭示的是犯罪嫌疑人在原追诉时效期间内实施的其他犯罪行为，且该犯罪行为与原存疑不起诉的案件无直接关联，则需根据该新犯罪行为的追诉时效来单独判断是否可追究其刑事责任。

行动建议：

• 对于犯罪嫌疑人而言，若面临此类情况，建议咨询专业律师，了解自身权益及可能面临的法律后果，以便做出合理的应对策略。
• 对于检察机关而言，在发现新证据后，应仔细审查新证据的性质、来源及与原案件的关系，同时核实追诉时效是否已过或是否存在追诉时效中断、延长的情形，以确保案件的公正处理。

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