结论前置：员工停薪留职期间，即使现工作单位与其签订了劳动合同，也不能简单地否认劳动关系。劳动关系的认定需要综合考虑多个因素，包括劳动合同的签订、实际工作情况、工资支付情况等。
详细分析：
劳动合同的签订：
- 劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，建立劳动关系应当订立书面劳动合同。因此，如果员工与现工作单位签订了劳动合同，这通常是认定劳动关系存在的重要依据。
停薪留职的特殊性：
- 停薪留职是一种特殊的劳动状态，通常发生在员工因个人原因（如学习、创业、照顾家庭等）暂时无法履行工作职责，但希望保留与用人单位的劳动关系的情况下。在停薪留职期间，员工可能不实际从事工作，也不领取工资，但这并不意味着劳动关系自动终止。
- 停薪留职协议或相关约定中，通常会明确双方的权利和义务，包括停薪留职的期限、是否保留职位、是否支付基本生活费等。这些约定是认定劳动关系是否存续的重要参考。
实际工作情况与工资支付：
- 尽管员工在停薪留职期间可能不实际从事工作，但如果双方约定保留劳动关系，并且用人单位在停薪留职期间或之后继续为员工缴纳社会保险、提供福利待遇等，这通常表明劳动关系仍然存续。
- 如果员工在停薪留职期满后返回工作岗位，继续履行工作职责并领取工资，这进一步证明了劳动关系的连续性。
否认劳动关系的可能情况：
- 如果停薪留职协议中明确约定了劳动关系在停薪留职期间终止，或者双方在实际操作中已经解除了劳动关系（如办理了离职手续、停止缴纳社会保险等），那么用人单位可能可以否认劳动关系。
- 但这种情况需要严格的证据支持，包括书面协议、离职手续、社会保险缴纳记录等。如果缺乏这些证据，用人单位仅凭口头主张或单方面行为否认劳动关系，可能难以得到法律认可。
法律建议：
- 对于员工而言，如果希望在停薪留职期间保留劳动关系，应与用人单位签订书面协议，明确双方的权利和义务，特别是关于劳动关系存续、职位保留、工资支付等方面的约定。
- 对于用人单位而言，如果希望在停薪留职期间或之后否认劳动关系，应确保有充分的证据支持，如书面协议、离职手续等。同时，应遵守相关法律法规，避免违法解除劳动关系或侵犯员工权益。
可能后果：
- 如果用人单位在停薪留职期间或之后违法否认劳动关系，可能面临劳动争议仲裁或诉讼的风险，需要承担相应的法律责任，如支付违法解除劳动关系的赔偿金、补缴社会保险等。
- 对于员工而言，如果劳动关系被非法否认，可以通过劳动争议仲裁或诉讼等途径维护自己的合法权益。
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