针对您提出的“乡镇企业办原始土地合同归哪个部门管理”的问题，以下是我的详细解答：

首先，我们需要明确的是，乡镇企业所使用的土地，其管理和监督职责主要归属于自然资源局（或其下属的乡镇土地所，作为基层派出机构）。这一归属关系是基于我国机构改革后的调整，原先的国土资源部门在整合相关职责后，组建为现在的自然资源部门，负责全面管理和监督土地资源。

对于乡镇企业办的原始土地合同，这通常涉及到土地的使用权、权属以及相关的土地管理法律法规。乡镇土地所，作为自然资源局的基层派出机构，在实际工作中负责执行土地管理相关法律法规和政策，包括土地资源的调查、统计、登记以及发证等基础性工作。因此，与乡镇企业土地使用相关的合同管理，也自然属于其职责范围之内。

具体来说，乡镇土地所会协助乡镇企业办理土地使用权的登记、发证等手续，并确保这些手续符合土地管理法律法规的要求。同时，如果乡镇企业在土地使用过程中遇到任何问题或争议，如土地权属纠纷、土地征收补偿等，乡镇土地所也会提供相应的指导和协助，确保问题得到妥善解决。

此外，从法律层面来看，《中华人民共和国土地管理法》为土地管理和权属提供了明确的法律依据。该法规定了土地的所有权和使用权、土地的保护和合理利用、土地的征收和补偿等方面的内容，为乡镇企业土地合同的管理提供了有力的法律保障。

综上所述，乡镇企业办的原始土地合同归自然资源局（或其下属的乡镇土地所）管理。这一管理机构不仅负责执行土地管理相关法律法规和政策，还提供土地资源的基础性工作服务，并协助解决土地使用过程中的问题和争议。因此，如果您在乡镇企业土地合同管理方面有任何疑问或需求，建议直接联系当地的自然资源局或乡镇土地所进行咨询和办理。