员工离职时公司扣佣金是否合法，主要取决于扣佣金的理由和方式是否符合法律法规。一般情况下，公司无故克扣员工佣金是违法的；但在特定情况下，如员工违反服务期约定、竞业限制或给公司造成经济损失等，公司有权依法扣除相应款项。以下是对此问题的详细分析：
一、不合法的情况
随意克扣佣金：
- 根据《工资支付暂行规定》及《中华人民共和国劳动法》，工资（包括佣金等劳动报酬）应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
- 如果公司仅仅因为员工离职就扣佣金，没有合理依据和法律规定，这种做法是违法的。例如，员工按照正常流程提前通知公司离职，公司却无故扣除员工应得的佣金，这侵犯了员工获得劳动报酬的权利。
违法设定违约金或扣除条款：
- 根据《劳动合同法》，除两种法定情形外（即用人单位提供专项培训并约定服务期、保密及竞业限制），用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金或扣除款项。
- 如果公司在不符合上述法定情形下，因员工离职而扣佣金作为违约金或扣除款项，是不合法的。
二、合法的情况
员工违反服务期约定：
- 当用人单位为劳动者提供专项培训费用，并进行专业技术培训，同时与劳动者约定了服务期时，若劳动者在服务期未满时离职，用人单位可以要求劳动者按约定支付违约金或扣除相应款项（但需注意，扣除的款项不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用，且不得以佣金等劳动报酬直接抵扣，除非双方有明确约定且符合法律规定）。不过，通常情况下，违约金与佣金是分开的，公司不能直接扣佣金作为违约金，除非有特别约定且合法。
违反竞业限制约定：
- 若员工与公司签订了竞业限制协议，在离职后违反该约定，到与原单位有竞争关系的其他单位工作或自己开业从事同类业务，公司有权要求员工支付违约金。但同样，违约金与佣金是分开的，公司不能直接扣佣金作为违约金，除非有特别约定且合法。不过，如果竞业限制协议中明确约定了违反协议时公司有权扣除一定比例的佣金作为赔偿，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种扣除可能是合法的。
员工给公司造成经济损失：
- 如果员工在离职过程中，因故意或重大过失给用人单位造成经济损失，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但经济损失的赔偿应从员工工资中扣除时，需遵循一定限制：每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。且这里的扣除通常指的是基本工资等固定部分，对于佣金等变动部分，除非双方有明确约定且符合法律规定，否则不能直接扣除。不过，如果佣金是员工劳动报酬的一部分，且双方约定了因员工原因造成损失时公司有权从佣金中扣除相应赔偿，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种扣除可能是合法的。但这种情况较为特殊，需要具体分析。
三、员工权益保护及建议
- 了解公司规章制度和劳动合同：员工在入职时应仔细阅读公司的规章制度和劳动合同，了解其中关于离职时佣金处理的规定。如果发现公司规章制度或劳动合同中有违法或不合理的内容，应及时与公司协商修改或拒绝签订。
- 保留相关证据：员工在离职前应保留好与佣金相关的证据，如佣金计算方式、发放记录等。以便在发生纠纷时能够证明自己的权益。
- 与公司协商解决：如果公司无正当理由扣除了员工的佣金，员工可以首先尝试与公司协商解决，要求返还被扣款项。
- 寻求法律帮助：如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在必要时，还可以向法院提起诉讼。
综上所述，员工离职时公司扣佣金是否合法需根据具体情况判断。员工应了解自己的合法权益和维权途径，并在遇到不法行为时及时采取措施维护自身权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。