在立案调查期间，不合格药品不可以自行销毁。以下从法律背景、法律建议和可能的法律后果三个角度进行详细分析：
法律背景
药品召回与销毁的法律规定：
- 根据《药品管理法》及相关规定，药品生产企业发现其生产的药品存在安全隐患的，应当立即停止销售，通知相关单位或个人，并主动召回药品。召回的药品应当按照规定进行销毁或采取其他无害化处理措施。
- 在立案调查期间，药品监管部门会对不合格药品进行封存、检验等程序，以确定药品的具体问题、危害程度及责任归属。此时，药品生产企业或相关责任方不得擅自处理召回的药品，以免干扰调查或销毁证据。
立案调查期间的法律程序：
- 立案调查是药品监管部门对涉嫌违法违规行为进行正式调查的程序。在此期间，监管部门会依法行使职权，对涉案药品、相关记录、文件等进行查封、扣押或抽样检验。
- 药品生产企业或相关责任方有义务配合监管部门的调查工作，提供必要的资料和信息，不得隐瞒、谎报或销毁证据。
法律建议
严格遵守法律法规：
- 药品生产企业或相关责任方在立案调查期间，应严格遵守《药品管理法》及相关规定，不得擅自销毁召回的不合格药品。
- 应积极配合监管部门的调查工作，提供必要的协助和支持，确保调查工作的顺利进行。
妥善保管召回药品：
- 在立案调查期间，药品生产企业或相关责任方应妥善保管召回的不合格药品，确保其不被擅自处理或流失。
- 可以按照监管部门的要求，将召回药品存放在指定地点，并采取必要的保管措施，如加锁、封存等。
及时沟通与报告：
- 药品生产企业或相关责任方在召回药品过程中，如遇到任何问题或困难，应及时与监管部门沟通并报告。
- 可以向监管部门咨询关于召回药品的处理方式、销毁程序等具体问题，以确保合规操作。
可能的法律后果
行政处罚：
- 如果药品生产企业或相关责任方在立案调查期间擅自销毁召回的不合格药品，可能构成妨碍监管部门执行公务或销毁证据的行为。
- 根据《药品管理法》及相关规定，监管部门可以对其处以警告、罚款、没收违法所得等行政处罚。
刑事责任：
- 在严重情况下，如果擅自销毁召回药品的行为导致严重后果或构成犯罪的，如生产、销售劣药罪等，相关责任方还可能承担刑事责任。
总结与进一步思考：
在立案调查期间，不合格药品的销毁必须严格遵守法律法规和监管部门的要求。药品生产企业或相关责任方应积极配合调查工作，妥善保管召回药品，并及时与监管部门沟通与报告。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见和解决方案。