仅剩保证金未付，一般不能直接认定为已经支付了全部价款。以下从不同角度进行分析：

一、保证金与价款支付的本质区别

保证金通常是在合同签订或履行过程中，一方为了确保合同的履行而向另一方支付的一定金额。它起到的是担保作用，即当一方不履行合同义务时，另一方有权依据保证金条款扣除相应金额或要求支付违约金等。而价款支付则是合同履行的主要义务之一，是买方为了获得货物或服务而向卖方支付的对价。

二、合同条款的约定

1. 明确约定：如果合同中明确约定了价款的支付方式和时间，并且明确指出保证金不计入价款支付范畴，那么仅剩保证金未付显然不能视为已经支付了全部价款。
2. 模糊约定：如果合同条款对于保证金和价款支付的关系表述模糊，没有明确指出保证金是否可以抵扣价款，那么需要根据合同的整体解释原则，结合交易习惯、合同目的等因素进行综合判断。但即便如此，也不能直接推断仅剩保证金未付就等同于支付了全部价款。

三、实际履行情况

1. 部分履行：如果买方已经支付了大部分价款，仅剩保证金未付，且双方没有争议或约定保证金可以抵扣剩余价款，那么在实际操作中，可能会视为买方已经履行了主要支付义务。但这并不意味着法律上就认定已经支付了全部价款，因为保证金和价款在法律性质上是不同的。
2. 未履行或未完全履行：如果买方除了保证金外，还有其他价款未支付，且没有合理的理由或约定支持保证金可以抵扣剩余价款，那么显然不能认为已经支付了全部价款。

四、法律后果

1. 违约责任：如果买方未按照合同约定支付全部价款（包括保证金），则可能构成违约行为，需要承担相应的违约责任，如支付违约金、赔偿损失等。
2. 合同解除：在严重违约的情况下，卖方还有权解除合同，并要求买方承担因此造成的损失。

五、建议

1. 审查合同条款：建议双方仔细审查合同条款，明确保证金和价款支付的关系以及各自的法律后果。
2. 协商解决：如果双方对于保证金和价款支付存在争议，建议通过协商的方式解决，以避免不必要的法律纠纷。
3. 法律途径：如果协商无果，双方可以通过法律途径解决争议，如提起诉讼或申请仲裁等。

综上所述，仅剩保证金未付不能直接认定为已经支付了全部价款。在实际操作中，需要根据合同条款的约定、实际履行情况以及法律规定进行综合判断。如果您在货物买卖合同纠纷中遇到相关问题，可以直接向我咨询。