往来及交易询证函，特别是银行函证及回函，是需要进行回复的。以下是对这一问题的详细解答：

首先，我们需要明确往来及交易询证函（特别是银行函证）的目的和重要性。银行函证及回函是注册会计师在获取被审计单位授权后，直接向银行业金融机构发出询证函，以查询、核对相关信息并获取书面回函的过程。这一过程是夯实市场主体会计信息质量、防范金融风险、维护市场秩序的重要途径。对于注册会计师而言，银行函证回函是其在审计工作中识别财务报表错误与舞弊行为的关键证据。

接下来，我们来看相关法规和规定。根据《财政部 银保监会关于进一步规范银行函证及回函工作的通知》（财会〔2020〕12号），银行业金融机构在收到符合规定的询证函后，有义务在规定时间内（通常是10个工作日内）进行回复。这一规定确保了询证函的及时性和有效性，为注册会计师提供了可靠的审计证据。

此外，该通知还强调了银行业金融机构在回函工作中的责任和要求。银行业金融机构需要加强内部控制，对回函信息的真实性、准确性负责，并建立完备的回函操作记录。这些措施有助于防范操作风险和声誉风险，提升审计工作质量。

对于不回复或回复不及时的后果，虽然直接的法律后果可能因具体情况而异，但一般来说，不回复或回复不及时可能会影响审计工作的进度和质量，甚至可能引发监管机构的关注和调查。因此，从合规性和风险管理的角度来看，银行业金融机构应当积极响应并回复往来及交易询证函。

综上所述，往来及交易询证函（特别是银行函证）是需要进行回复的。这不仅是为了满足注册会计师的审计需求，也是银行业金融机构履行合规义务、防范风险的重要举措。如果您是银行业金融机构的相关人员，建议您高度重视并做好银行函证的回函工作；如果您是询证函的发出方（如注册会计师或审计机构），建议您在发出询证函时确保其符合规定要求，并及时跟进回函情况。