工资包干制包含加班费在符合一定条件下是合法的。以下是对这一问题的详细分析：
合法性的基础与条件
平等自愿协商：
- 工资包干制，特别是包含加班费的情况，必须建立在用人单位与劳动者平等、自愿协商的基础上。双方应明确约定采用这种工资支付方式，并确保劳动者对工资构成有充分的了解。
不违反最低工资标准：
- 工资包干总额，在折算后，正常工作时间工资和时薪均不得低于当地政府规定的最低工资标准。这是保障劳动者基本生活的法定底线，也是判断工资包干制是否合法的重要标准。
工时制度合规：
- 工资包干制下的工作时间安排需符合我国法定的工时制度。即每日工作时间不超过八小时，平均每周工作时间不超过四十四小时。对于加班情况，其计算方式和金额也需符合法律规定，确保劳动者获得合理的加班报酬。
明确工资构成：
- 用人单位需向劳动者清晰说明工资包干的具体构成和计算方式，包括正常工作时间工资、加班工资、奖金、津贴等各项收入。这有助于保障劳动者的知情权，确保劳动者对自己的工资组成有充分的了解。
可能存在的违法情形与风险
恶意规避加班工资：
- 若用人单位利用工资包干制恶意规避支付加班工资的法律责任，如将正常工作时间工资和加班工资不合理地打包在一个较低的工资包干中，导致劳动者实际获得的加班报酬远低于法定标准，这种做法是违法的。
侵犯知情权：
- 若用人单位未明确告知劳动者工资包干的具体构成和计算方式，侵犯了劳动者的知情权和工资分配知情权，这种工资包干制也存在法律风险。
超时加班问题：
- 即使工资包干制得到认可，用人单位也应确保劳动者每日加班不超过三小时，每月不超过三十六小时，并保障劳动者每周至少休息一天。否则，可能因违反工时制度而面临法律风险。
司法实践中的认可与限制
在司法实践中，对包含加班工资的“工资包干制”方式已得到一定程度的认可，但仍有相应的限制条件。这些条件主要包括：约定的工资经折算后，正常工作时间工资和时薪不得低于当地最低工资标准；同时，需严格遵守工时制度的相关规定。
总结与建议
对于劳动者而言，在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，了解工资包干制的具体构成和计算方式，确保自己的合法权益不受侵害。若发现用人单位存在恶意规避加班工资、侵犯知情权或超时加班等违法行为，应及时向劳动监察部门投诉或寻求法律帮助。
对于用人单位而言，在采用工资包干制时，应确保约定内容合法合规，充分保障劳动者的合法权益。同时，应建立健全的工资支付制度，明确工资构成和计算方式，避免因工资支付问题而引发劳动纠纷。
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