若公证书公证的协议存在错误，修改的方式主要取决于错误的性质以及协议双方是否达成一致意见，以下是具体分析：
协议内容存在笔误或明显错误，且双方已达成一致修改意见：
- 在这种情况下，双方可以共同签署一份补充协议，明确指出原协议中的错误部分，并详细阐述修改后的内容。补充协议应当与原协议具有同等的法律效力，且最好经过公证机关的再次公证，以确保其法律效力。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人协商一致，可以变更合同。补充协议作为合同变更的一种形式，只要双方意思表示真实，且不违反法律、行政法规的强制性规定，即具有法律效力。
协议内容存在实质性错误，且双方对修改内容存在争议：
- 若双方无法就修改内容达成一致意见，或者错误涉及协议的核心条款，如标的、数量、质量、价款或报酬、履行期限、地点和方式等，那么可能需要通过法律途径解决争议。
- 在此情况下，建议先与对方进行协商，尝试通过调解等方式解决争议。若协商无果，可以向人民法院提起诉讼，请求法院对协议进行审查并作出判决。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》及《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，当事人因合同发生争议的，可以协商解决；协商不成的，可以向人民法院提起诉讼。法院将根据事实和法律规定，对协议进行审查，并作出公正的判决。
公证程序存在错误或瑕疵：
- 如果发现公证程序本身存在错误或瑕疵，如公证员未按照法定程序进行公证、公证文书内容不真实或违法等，可以向公证机构提出复查申请。
- 公证机构将在收到申请后进行复查，并根据复查结果作出相应的处理决定。如果复查结果确认公证程序存在错误或瑕疵，公证机构将撤销原公证书并重新出具公证书。
- 法律依据：根据《中华人民共和国公证法》的相关规定，当事人、公证事项的利害关系人认为公证书有错误的，可以向出具该公证书的公证机构提出复查。公证机构将在收到复查申请之日起三十日内完成复查，并作出复查处理决定。
在处理公证书公证的协议错误时，还需要注意以下几点：
- 及时沟通：一旦发现协议存在错误，应尽快与对方进行沟通，明确错误的具体内容和修改意见，以避免因延误时间而造成不必要的损失。
- 保留证据：在沟通过程中，应保留好相关的证据材料，如聊天记录、邮件往来等，以便在后续的法律程序中证明自己的主张。
- 寻求专业帮助：如果对协议修改或法律程序存在疑问，建议咨询专业律师的意见，以确保自己的权益得到充分保障。
最后，需要强调的是，公证书作为具有法律效力的证明文件，其内容和程序都应当严格遵守法律规定。因此，在处理公证书公证的协议错误时，务必保持谨慎和严谨的态度。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。