结论：保险公司是否赔偿因车祸住院治疗后引发的血栓，需根据具体情况判断，主要取决于血栓与车祸的因果关系、保险条款的约定以及是否存在免责情形。以下从不同角度展开分析：

1. 因果关系是核心判断标准
   若血栓是车祸直接导致的并发症（如长期卧床引发深静脉血栓），或与车祸治疗存在直接关联（如手术操作引发血栓），则属于保险赔偿范围。根据《保险法》第22条，被保险人需证明事故与损害结果之间的因果关系，可通过医疗诊断证明、专家鉴定等材料固定证据。
   例外情形：若血栓是因被保险人自身疾病（如高血压、高血脂）或后续治疗不当（如未遵医嘱活动）导致，保险公司可能主张免责。

2. 保险条款的约定至关重要
   需重点审查保险合同中“保险责任”和“责任免除”条款：

   • 若条款明确约定“因交通事故导致的后续治疗费用”属于赔偿范围，则血栓治疗费用可获赔；
     
   • 若条款将“并发症”或“自身疾病发展”列为免责事项，且保险公司能证明血栓与车祸无直接关联，则可能拒赔。
     提示：根据《民法典》第496条，若保险公司未对免责条款尽到提示说明义务，该条款可能不生效。

3. 举证责任分配
   被保险人需初步证明血栓与车祸的关联性（如提供住院记录、诊断证明）；若保险公司主张免责，则需承担举证责任，证明血栓是因其他独立原因导致。实践中，法院可能委托司法鉴定机构对因果关系进行专业认定。

4. 实务建议

   • 及时报案：发生事故后立即通知保险公司，保留报案记录；
     
   • 固定证据：收集完整医疗记录、费用清单、因果关系鉴定报告；
     
   • 协商与诉讼：若协商无果，可向银保监会投诉或直接起诉，法院将综合证据和法律规定裁决。

总结：血栓能否获赔需结合因果关系、保险条款和证据情况综合判断。建议尽快整理医疗材料，并核对保险合同条款，必要时委托律师协助处理。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体细节。