结论：脑血栓司机开车肇事，保险公司是否赔付需分情况讨论，主要取决于司机在事故发生时是否处于疾病发作状态、保险合同的具体条款以及事故责任认定等因素。以下是具体分析：

1. 若司机在事故发生时因脑血栓突发导致失去意识或控制能力：

   • 交强险部分：根据《机动车交通事故责任强制保险条例》，交强险主要保障因交通事故造成第三方的人身伤亡和财产损失，且不区分驾驶人是否存在过错（除故意制造事故外）。因此，即使司机因疾病突发导致事故，交强险通常仍需赔付，但赔付范围限于交强险的限额（如死亡伤残18万元、医疗费用1.8万元、财产损失0.2万元）。
   • 商业险部分：商业险（如第三者责任险、车损险等）的赔付需依据保险合同条款。若合同中明确约定“驾驶人因疾病导致事故属于免责范围”，则保险公司可能拒赔；若未明确约定，或条款存在歧义，则需结合《保险法》中“不利解释原则”（对格式条款有两种以上解释的，应作出有利于被保险人的解释）进行判断，保险公司可能仍需赔付。

2. 若司机在事故发生时虽患有脑血栓，但疾病未影响其驾驶能力：

   • 交强险部分：交强险仍需赔付，理由同上。
   • 商业险部分：若司机未履行如实告知义务（如投保时未告知保险公司其患有脑血栓），保险公司可能以“未如实告知”为由拒赔；若司机已如实告知，且保险公司同意承保，则保险公司通常需赔付，除非合同中有其他免责条款（如“驾驶人存在重大过失”等）。

3. 事故责任认定的影响：

   • 若交警认定司机对事故负全部或主要责任，且保险公司需赔付（如交强险或商业险未免责），则保险公司将在责任范围内承担赔偿责任；
   • 若司机无责或次责，则保险公司可能仅需赔付交强险的无责限额（如死亡伤残1.8万元、医疗费用0.18万元、财产损失0.01万元），商业险部分可能不赔。

建议：

• 若您或家属涉及此类事故，建议立即联系保险公司报案，并保留好医疗记录、事故认定书等证据；
• 仔细阅读保险合同条款，尤其是免责部分，必要时可委托律师协助分析；
• 若保险公司拒赔，可通过协商、投诉（如向银保监会）或诉讼等方式维护权益。

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