可以让他写欠条，但需注意欠条的合法性和有效性。以下从多个角度为你详细分析：
欠条的合法性基础
从法律角度来看，欠条是证明双方存在债权债务关系的书面凭证。当你垫付农民工工资后，与农民工之间就形成了债权债务关系。此时，要求农民工出具欠条，明确欠款金额、还款时间等关键信息，是合法且合理的行为。欠条作为书面证据，在后续可能出现的纠纷中，能够为你提供有力的法律支持。
欠条的有效性要件
为了确保欠条的有效性，需要注意以下几点：
内容明确：欠条中应明确记载欠款人的姓名、身份证号码、联系方式等基本信息，以及欠款金额、欠款原因（即你垫付的农民工工资）、还款时间、还款方式等关键信息。这些信息必须准确无误，避免出现模糊或歧义。
签字确认：欠条必须由欠款人（即农民工）本人签字确认，并最好按手印。签字和手印是确认欠款人身份和同意欠款事实的重要证据。
见证或公证：如果条件允许，可以邀请第三方见证人在欠条上签字，或者对欠条进行公证。这可以进一步增强欠条的法律效力，减少后续纠纷的可能性。
欠条在后续维权中的作用
如果你垫付的农民工工资未能得到及时偿还，欠条将成为你维权的重要依据。你可以根据欠条上的约定，向农民工追讨欠款。如果农民工拒绝偿还，你可以凭借欠条向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或向法院起诉。在诉讼过程中，欠条将作为关键证据，帮助你证明债权债务关系的存在和欠款事实的真实性。
注意事项
保留相关证据：除了欠条外，你还应保留与垫付农民工工资相关的其他证据，如转账记录、工资单、农民工的身份证复印件等。这些证据将与你欠条相互印证，形成完整的证据链。
及时主张权利：如果农民工未能按照欠条上的约定偿还欠款，你应及时主张权利，避免超过诉讼时效。根据《中华人民共和国民法典》的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
寻求法律帮助：如果你在垫付农民工工资或追讨欠款过程中遇到法律问题或纠纷，可以及时向我咨询或寻求其他专业律师的帮助。我将根据你的具体情况，为你提供专业的法律意见和解决方案。
总结来说，垫付农民工工资后让他写欠条是合法且合理的行为。但为了确保欠条的有效性和后续维权的顺利进行，你需要注意欠条的内容明确、签字确认、见证或公证等要件，并保留相关证据、及时主张权利、寻求法律帮助。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。