自然人与村委会合作开发商品房协议的效力问题，不能一概而论，需根据具体情况分析。以下从不同角度进行详细阐述：
一、协议有效的情形
符合法律法规规定：
- 如果自然人与村委会的合作开发协议符合《中华人民共和国民法典》中关于合同效力的相关规定，即双方意思表示真实，不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该协议是有效的。
- 特别是，如果合作开发的项目符合当地的土地利用规划和城乡规划，且村委会作为集体土地的所有者或管理者，有权就该土地进行开发利用，那么协议的有效性将得到进一步保障。
取得相关审批手续：
- 商品房开发通常需要取得一系列审批手续，如土地使用权证、规划许可证、施工许可证等。如果自然人与村委会的合作开发协议已经取得了这些必要的审批手续，那么协议的有效性将更加明确。
二、协议无效的情形
违反法律法规强制性规定：
- 如果合作开发协议违反了法律、行政法规的强制性规定，如未经批准擅自改变土地用途、未取得商品房预售许可证而进行预售等，那么该协议将被认定为无效。
- 特别是，如果村委会未经法定程序擅自将集体土地用于商品房开发，或者自然人以非法手段获取土地使用权进行开发，都将导致协议无效。
损害社会公共利益：
- 如果合作开发协议损害了社会公共利益，如破坏生态环境、影响城市规划等，那么该协议也可能被认定为无效。
三、特殊情形下的协议效力
村委会作为特殊主体：
- 村委会作为集体土地的所有者或管理者，在合作开发商品房时具有特殊地位。如果村委会未经村民会议或村民代表会议同意，擅自与自然人签订合作开发协议，可能因违反民主议定程序而影响协议的效力。
自然人资质问题：
- 如果自然人不具备房地产开发资质，或者以非法手段参与商品房开发，那么其与村委会签订的合作开发协议可能因主体不适格而无效。
四、法律建议
审查协议内容：
- 在签订合作开发协议前，双方应仔细审查协议内容，确保协议符合法律法规规定，不违反强制性规定，不损害社会公共利益。
取得必要审批手续：
- 双方应积极办理商品房开发所需的各项审批手续，确保项目合法合规进行。
咨询专业律师：
- 由于商品房开发涉及复杂的法律关系和审批程序，建议双方在签订协议前咨询专业律师，以确保协议的合法性和有效性。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的解答。
综上所述，自然人与村委会合作开发商品房协议的效力取决于多种因素，包括协议内容、法律法规规定、审批手续以及双方主体资质等。因此，在签订协议前，双方应充分了解相关法律法规和审批程序，确保协议的合法性和有效性。