结论：公司注册时小股东未实际出资，在公司后续股权转让时小股东没有收益是否合法，需分情况讨论，不能一概而论。
分析如下：
小股东未实际出资但股权转让合法有效的情况
- 法律背景：根据《公司法》及相关司法解释，股东未履行或未全面履行出资义务，并不直接导致其丧失股东资格或股权转让无效。股权转让的合法性主要取决于转让程序是否合法、是否损害公司及其他股东利益等。
- 具体情形：若小股东虽未实际出资，但与其他股东之间有明确的约定（如出资期限未到、以其他方式贡献等），且该约定不违反法律法规的强制性规定，同时股权转让程序合法（如经过公司股东会同意、签订了有效的股权转让协议等），则小股东在股权转让时没有收益（或收益较少）可能是合法的。
- 法律后果：在此情况下，小股东虽未实际出资，但仍可能享有股东权利（如分红权、表决权等，具体取决于公司章程和股东间协议），只是其权利可能受到一定限制。股权转让后，受让方将继承小股东的股东地位，包括其未出资的义务（除非转让协议另有约定）。
小股东未实际出资且股权转让存在瑕疵的情况
- 法律背景：若小股东未实际出资，且股权转让过程中存在欺诈、胁迫、恶意串通等违法行为，或损害公司、其他股东或债权人的利益，则股权转让可能被认定为无效或可撤销。
- 具体情形：例如，小股东隐瞒未出资的事实，与受让方签订股权转让协议，导致受让方在不知情的情况下受让了股权。若受让方事后发现并证明小股东存在欺诈行为，则有权请求法院撤销股权转让协议。
- 法律后果：在此情况下，小股东不仅可能无法获得股权转让的收益，还可能面临法律责任（如赔偿受让方的损失、承担违约责任等）。同时，其股东资格也可能因股权转让协议的撤销而恢复，但仍需履行出资义务。
公司章程或股东间协议有特别约定的情况
- 法律背景：公司章程或股东间协议是股东之间约定权利义务的重要文件，具有法律约束力。若公司章程或股东间协议对未出资股东的股权转让、收益分配等有特别约定，则应按照约定执行。
- 具体情形：例如，公司章程可能规定未出资股东在股权转让时不得享有收益，或需将部分或全部收益用于补足出资等。
- 法律后果：在此情况下，小股东在股权转让时没有收益可能是合法的，但需确保该约定不违反法律法规的强制性规定，且已得到全体股东的同意或认可。
建议：
- 对于小股东而言，应尽快履行出资义务或与其他股东协商解决方案，以避免潜在的法律风险。
- 对于受让方而言，在受让股权前应充分了解小股东的出资情况、公司章程及股东间协议等，以确保自身权益不受损害。
- 若发生纠纷，建议及时咨询专业律师，通过法律途径维护自身权益。
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